Правильно, как Вы верно указываете, на берегу. В русском языке есть несколько существительных второго склонения с таким окончанием в предложном падеже со значением места. Ср.: о береге - на берегу, о носе - в носу, о саде - в саду. Падеж один и тот же, окончания (в зависимости от значения падежа) - разные.

Это сложноподчиненное предложение с одним придаточным: из которого перед этим спустили воду. Оно выделяется с двух сторон запятыми по общему правилу, поэтому запятая перед и нужна: Александр II и его свита осматривали специально устроенный бассейн, из которого перед этим спустили воду, и на дне были видны рыбы всех пород, существующих в Каспийском море.

Судя по нашим наблюдениям, специалисты пишут чаще раздельно: двусторонне ретушированный (см., например, статью в Большой российской энциклопедии «Средневолжская культура»). Ср. аналогично двусторонне обработанные наконечники, орудия; двусторонне оббитые топоры. Слитное написание можно обосновать тем, что данное сочетание терминологизируется. Однако пока терминологизация не завершена, и можно рекомендовать придерживаться раздельного написания, которое, безусловно, легче для восприятия. 

Академический справочник под ред. В. В. Лопатина указывает такой перенос как допустимый. Вот цитата.

Если же в группе согласных часть принадлежит приставке или если вся группа начинает вторую часть приставочного слова, предпочтительно учитывать членение слова на значимые части. Предпочтительные переносы: под-бить, под-бросить, при-слать, от-странить. Допустимые переносы: по-дбить, подб-росить; прис-лать; отс-транить и отст-ранить.

В документах и научных работах нарицательное слово, которое указывает на определенный, названный ранее полно документ, пишут с прописной буквы довольно часто. Прописная выполняет здесь ту же функцию, что и определенный артикль. Однако такое употребление не предусмотрено правилами русской орфографии. Полагаем, что в Вашем примере достаточно указания на номер модуля, прописная буква не нужна.   

В любом случае вторая из двух указанных Вами запятых нужна: необходимо разделить части сложноподчиненного предложения. Что касается первой запятой, то здесь возможны варианты: в связи с тем что — сложный подчинительный союз, а в начале предложения такие союзы обычно не расчленяются; впрочем, если необходимо логически выделить первую часть союза, то его расчленение допустимо.

В таких случаях вступает в силу правило, гласящее: недопустимо слитное или дефисное написание с приставкой или первой частью сложного слова, если вторая часть содержит пробел, т. е. представляет собой сочетание слов. В этих случаях слитные или дефисные написания, рекомендуемые основными правилами, должны заменяться раздельными. Поэтому правильно: недо де Голль. Ср.: псевдо Ван Гог.

Это правило связано с тем, что в данных случаях текст представляет собой отдельную смысловую единицу, которая не требует указания на завершенность с помощью знака препинания. В конце письма, когда пишут «С уважением» и следует подпись, точка также не ставится, так как это часть формального обращения, которое не является самостоятельным предложением.

«Не секрет» в данном контексте означает «это всем известно» или «это общеизвестный факт». В русском языке существует устойчивое сочетание «не секрет, что...», которое употребляется для введения общеизвестной информации. Пропуск союза весьма характерен для разговорной речи и, на наш взгляд, не создает трудностей для понимания текста.

Здесь возможны варианты. Запятая нужна, если автор хочет, чтобы определения воспринимались как однородные: вой был протяжный и поэтому жуткий – слова протяжный и жуткий сближаются по значению, между ними создаются синонимические отношения. Однако возможно трактовать эти определения и как неоднородные: жуткий вой был протяжен. В таком случае запятая не нужна. Выбор остается за автором.