Перед одиночным союзом и, соединяющим однородные придаточные части (в данном случае они зависят от глагола подсказать), запятая не ставится: Что влияет на сроки создания и реализации проекта, что в них входит, а что нет и, главное, как минимизировать не только финансовые, но и временные затраты заказчика, может и должен подсказать архитектор.

Предложение с прямой речью внутри авторских слов оформлено корректно.

Корректно слитное написание: автооптимизация. 

авто… – первая часть сложных слов, пишется слитно. 

Термин пишется так: тавтология. См. подробно на www.krugosvet.ru и в "Википедии". Масло масляное - пример тавтологии.

Да, это наиболее вероятная причина.

Игорь, мы согласны с Вами, что употребление буквы ё в именах собственных – это действительно проблема, в первую очередь для людей, у которых в именах и фамилиях пишется (или как раз не пишется) буква ё. Можно сказать, что в действующих «Правилах» 1956 года была в каком-то смысле заложена мина: если бы в своде четко было прописано, что в именах собственных необходимо последовательно писать ё, таких проблем бы не было. А так – в разное время паспортисты то избегали употребления буквы ё, то последовательно ставили две точки над е, в результате людям приходится доказывать, что они – это они.

На этом, по нашему мнению, проблемы, связанные с ненаписанием ё, заканчиваются. Грамотный человек в приведенной Вами фразе споткнется разве что на слове всё. Ну так правилами предусмотрено написание ё для различения все – всё. Правила также требуют писать ё в книгах для тех, кто изучает русский язык (для детей, для иностранцев). Грамотный взрослый носитель русского языка не прочитает слова веселый, летчик, серьезный и т. д. неправильно – даже если они написаны без ё. «В других языках диакритические знаки прекрасно живут» – в этой Вашей фразе ключевые слова «в других языках». Для русского языка диакритика нехарактерна, именно поэтому буква ё и вызывает споры вот уже на протяжении двух столетий.

Знаки препинания расставлены верно.

Слово пара используется для обозначения двух однородных или одинаковых предметов, употребляемых вместе и составляющих одно целое: пара чулок, пара ботинок. Только это значение слова пара (применительно к одежде) является общеупотребительным и стилистически нейтральным.

Однако в разговорной речи словом пара называют предмет, состоящий из двух одинаковых, соединенных вместе частей: пара брюк, пара трусов, пара штанов (также пара ножниц и др.). Везде имеется в виду один предмет, и такое употребление не должно выходить за рамки разговорной речи.

Общеупотребительный вариант: двое трусов, двое брюк, двое штанов.

Запятая не нужна. О правилах обособления оборотов с непервообразными предлогами можно прочитать в «Справочнике по пунктуации».

Запятые перед союзами да и но нужны: в этих предложениях они сохраняют своё противительное значение.