Корректно: служба (чего?) экономической безопасности.
Да, в этом слове корень приват-, суффиксы -из- и -ациj-, окончание -а. Буква я обозначает два звука, из которых первый относится к суффиксу, второй — к окончанию.
Запятая не нужна.
Корректно: отремонтировано дорожное покрытие в проезде Газовиков.
Верно: первый парламент протектората.
Запятая нужна, она ставится после главного предложения перед придаточным изъяснительным.
Запятая нужна, она отделяет части сложносочиненного предложения.
В начале предложения или заголовка Федеральное автономное учреждение пишется с прописной буквы, в середине предложения корректно писать строчными: федеральное автономное учреждение.
Нет, не всякие. Например, Д. Э. Розенталь описывает авторскую пунктуацию так: «С одной стороны, под этим термином понимаются особенности пунктуационного оформления текстов, носящие индивидуальный характер, присущие тому или иному писателю (набор применяемых им знаков, преимущественное использование одного из них, расширение функций этого знака), в целом не противоречащие принятым в данный период правилам.
С другой стороны, указанный термин трактуется как сознательное отступление от действующих норм пунктуации и особое применение знаков препинания в художественных текстах. Действительно, в печатных и рукописных текстах нередко встречается пунктуация, не подпадающая под принятые правила, но оправданная стилем, жанром, контекстом произведения» (Д. Э. Розенталь. Справочник по пунктуации. М., 1984. С. 244-245).
См. в «Справочнике по фразеологии».