Название Мцхета склоняется: родился в Мцхете. Поскольку это название давно освоено русским языком, то оно может склоняться и со словом город: родился в городе Мцхете.
Запятые нужны, но обратите внимание, что дополнение в данном случае не следует отрывать от причастия. Корректно: ГУП "Ромашка", организация, подведомственная Департаменту... города Москвы, выполняет работы...
См. раздел «Азбучные истины».
В приведенном контексте "чем вспомнить" означает "каким способом, при помощи чего" следует вспомнить "то, чем в жизни этой бренной сердце жадно надышалось".
Слово Кемерово среднего рода, поэтому верно: Кемерово обошло.
Это название склоняется (для проверки можно обратиться к словарям).
Здесь правильно: филиал в г. Москве.
Название коньякцы (ед. - коньякец) можно образовать. К сожалению, словари не фиксируют название жителей этого города и провинции. Предпочтительно использовать описательное выражение: жители города Коньяк.
Название должности глава города пишется строчными.
