Прописная буква возможна, так как здесь слово Закон используется в особом символическом смысле.
В данном случае лучше: Обязанностями ведущего инженера являются: выполнение работ таких-то...
Если "наконец" в значении "напоследок, после всего", то запятая не ставится.
Кажется, слово "вопросы" здесь лишнее. Просто: в своей компетенции или в рамках своей компетенции.
Верно: ...не предусмотренные проектной документацией.
Верно: ...в связи с включением (чего?) выполенения...
Запятая не нужна. Запятая не ставится в сложносочиненном предложении, если в его состав входят вопросительные предложения.
Слово закон пишется с большой буквы в начале названия официального документа. Например: Закон Российской Федерации «О средствах массовой информации». В остальных случаях слово закон пишется с маленькой буквы.