Вводное предложение что не менее важно нужно выделить запятыми с двух сторон, то есть поставить запятую после союза и и после слова важно. Необходимость (уместность) постановки тире нужно оценивать с учетом всего предложения (в вопросе приведен только его фрагмент).

Во-первых, вопрос о выделении корня может по-разному решаться при собственно морфемном и при словообразовательном анализе. А во-вторых, словообразовательный анализ может быть синхроническим и диахроническим, то есть его результаты зависят от того, рассматриваем мы язык одной определенной эпохи или же анализируем изменения в нем на протяжении какого-то отрезка времени. Поэтому результат членения на морфемы может быть разным — и при этом во всех случаях правильным.

При синхроническом словообразовательном анализе, результаты которого отражает «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова, в слове защита выделяется корень защит-, так как в современном языке семантические связи с корнем -щит- у этого слова утрачены.

При диахроническом словообразовательном анализе в глаголе защитить и в производном от него существительном защита выделяется корень -щит- (см., например, «Этимологический словарь» М. Фасмера).

При собственно морфемном анализе в слове защита тоже выделяется корень -щит- (см . «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой).

Чтобы понимать, какой тип анализа представлен в том или ином словаре, перед его использованием необходимо внимательно ознакомиться с предисловием. 

Словоформа вина представляет собой неполное предложение, восстанавливаемое как 'налить тебе вина?' или каким-то подобным образом. Неполное предложение не является обособленной конструкцией, поэтому вводное слово оформляется по общему правилу: Дорогая, может, вина?

Постановка запятой уместна.

Верно: разность забитых и пропущенных мячей, разница между забитыми и пропущенными мячами.

В большинстве случаев слова конечно же выделяются запятыми. Однако, как указывает справочник по пунктуации Д. Э. Розенталя, «иногда слово конечно, произносимое тоном уверенности, убежденности, приобретает значение утвердительной частицы и пунктуационно не выделяется: Конечно правда! Конечно же это так». В данном случае, на наш взгляд, лучше поставить запятую: Конечно же, возникают проблемы.

Корректно: занято́й (! не рек. занятый...) в значении "постоянно обременённый делами".

Оба варианты верны. 

Орфографической ошибки нет, сочетание по выходе написано правильно. Такой оборот придает речи канцелярский оттенок, поэтому он не всегда уместен. Грамматически предложение также небезупречно, поэтому его лучше перестроить, например, так: Продавец и покупатель оформили договор. После того как они вышли из банка, и деньги, и машина оказались у мошенника.

Правильно: контрольная работа по алгебре.