Правила постановки знаков препинания при сочетании вводного слова и обособленного оборота изложены в параграфе 93 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). В справочниках и специальной литературе не отмечено, что вводные слова разных семантических групп «ведут себя» в таких условиях по-разному. 

Другое дело, что, если вводное слово находится в начале оборота, пишущему действительно хочется как-то выделить и сам оборот, и вводное слово. В этом случае одними только запятыми не обойтись, нужно использовать еще и тире. Такие ситуации подробно проанализированы в статье С. В. Друговейко-Должанской «О корректировке правил пунктуационного оформления вводных конструкций (тире перед вводными словами и словосочетаниями)» (#ТОТСБОРНИК: Сборник научных трудов по материалам Тотального диктанта. Новосибирск, 2017. Вып. 2. С. 132—145).

Предложение построено с ошибкой, цитированное правило применимо к нему в полной мере. Говорить о намеренном пропуске полузнаменательной связки является нет никаких оснований.

Сочетания нефтеперерабатывающий завод, швейная фабрика корректны. Вопрос о том, почему одни предприятия в русском языке называются заводами, а другие фабриками, в свое время (а именно в 1954 году) задавал С. И. Ожегову один из читателей его знаменитого толкового словаря. Сохранился ответ Сергея Ивановича читателю, который может служить ответом и на Ваш вопрос:

Наименование промышленного предприятия то фабрикой, то заводом связано с рядом исторических условий. Слово «фабрика» распространяется у нас со времени Петра I. В тех отраслях производства, в которых еще до Петра I имелась форма промыслового или промышленного предприятия, сохраняется название «завод». Такова, например, область металлургии, область производства, связанная с обработкой сельскохозяйственной продукции (кожевенный завод, современные консервный завод, хлебозавод и т. п.). Бумажное производство существовало до Петра I, но предприятия назывались «мельницами», а не «заводами», и со времени Петра I их стали звать «фабриками». Текстильное производство, как правило, не было организовано в форме предприятий, и со времени Петра I, когда появляются текстильные предприятия, они получают названия «фабрик». Исторические условия были, по-видимому, главным моментом, определившим различие наименований промышленных предприятий.

Нет, правильно: договориться о чем-либо, например: договориться о встрече (или, в значении 'говоря, дойти до какой-либо крайности': договориться до чего-либо, например: договориться до нелепостей).

1. Корректное оформление: А между прочим, за уорхоловскую «Тушёнку Бамба» бодаются на «Сотбис»: «Десять миллионов!», «Двадцать миллионов!», «Пятьдесят миллионов»... Доходит до ста миллионов долларов!

2. Верно: добившимся.

3. Верно: акции протеста.

Запятая, точка с запятой, двоеточие и точка ставятся после знака сноски, чтобы показать, что сноска относится к слову или группе слов, например: ...1, ...1; ...1: ...1.

Вопросительный или восклицательный знак, многоточие и кавычки ставятся перед знаком сноски, чтобы показать, что сноска относится ко всему предложению, например: ...?1 ...!1 (...)1 ...1 ...»1.

Знак градуса набирают только после ряда чисел: 370–380 °С

В обоих случаях корректно с запятой. Обороты с предлогом кроме обычно обособляются.

Вы написали правильно. О различии зам. директора – замдиректора см. в ответе на вопрос № 237554.

Предлог "до" означает, что указанная после него дата включена в срок действия договора. Но для устранения возможных недопониманий лучше дополнить фразу словом "включительно".