В этом предложении знаки препинания расставлены правильно. Запятая стоит перед и, так как в предложении две грамматические основы: мы писали и я допустила. Обстоятельственный оборот с предлогом несмотря на обычно обособляется, за исключением тех случаев, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу.
На основании столь узкого контекста ответить на этот вопрос невозможно.
По общему правилу здесь ставится запятая: она отделяет придаточную часть от главной в сложноподчиненном предложении. Тире в таких случаях (когда придаточная часть предшествует главной) возможно, но ставится гораздо реже — при необходимости подчеркнуть интонационное и смысловое членение высказывания.
Правильно: состоит на вооружении.
Предпочтителен предлог с: сталкиваемся с ртутью.
У этих двух оборотов, вопреки любому мнению о возможных смысловых различиях, весьма продолжительная история речевого сосуществования.
Запятая не нужна: оборот с как не обособляется, если входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу. В данном случае без оборота с как сказуемое не выражает нужного смысла: смысл не в том, что он был одет (а не раздет), а в том, как именно он был одет.
Кодификация этого заимствованного слова менялась. Прежде «Русским орфографическим словарем» РАН было установлено написание сэнсэй (и мы отвечали, что следует писать так, ориентируясь на словарную рекомендацию). Но теперь академический орфографический словарь фиксирует написание сенсей, его и следует выбрать. Колебания в написании недавно вошедших в русский язык слов — совершенно нормальный и естественный процесс.
Вообще говоря, из определений, которые даются прямому и косвенному дополнению, следует, что эти характеристики применяются к дополнениям, выраженным именными частями речи, поэтому дополнение, выраженное инфинитивом, не может быть охарактеризовано в этом аспекте. В то же время отметим, что в академической «Грамматике русского языка» (М., 1960. Т. 2. Ч. 1. С. 565) параграф «Дополнения, выраженные инфинитивом» включен в подраздел «Косвенное дополнение». В пособии Е. И. Литневской, размещенном на нашем портале, дополнение, которое выражено инфинитивом, также отнесено к косвенным.
Да, нужно закрыть пояснительный оборот с союзом в том числе.