Возможны оба варианта. Употребление предлога зависит от контекста. Ср.: На этом семинаре речь шла об открытии целого семейства элементарных частиц и Кульчицкий, Львовский, Коган, если верно помню, официально состояли в этом семинаре. 

Слово управление требует родительного падежа в значении 'административный орган какого-либо учреждения, предприятия и т. п.': районное управление образования. Если же значение 'регулирование работы', необходим творительный падеж, например: управление образованием – дело непростое.

Обособление собственного имени возможно при наличии пояснительного оттенка значения («а зовут его Иван Иванов»)  и соответствующей интонации при чтении. Если такого оттенка значения и такой интонации нет, никакие знаки препинания не нужны.

Конечно. В корне с чередованием клан/клон без ударения пишется о (склоняться, преклонение), а под ударением может быть и о, и а. Ср.: накло́н, непрекло́нный, кла́няться, раскла́няться, откла́няться.

По происхождению компонент -ов- является суффиксом, так как топоним Иваново восходит к имени Иван. Если не обращаться к истории слова, а исходить из современных словообразовательных связей, то основу можно считать нечленимой, корнем — компонент Иванов. 

Запятые не нужны, верно: Министерство как уполномоченный орган исполнительной власти сообщает следующее... Оборот с союзом как не выделяется, если передает значение 'в качестве' (= Министерство в качестве уполномоченного органа исполнительной власти сообщает следующее...).

Дефис – это небуквенный орфографический знак, он используется в правилах слитного, дефисного и раздельного написания (контр-адмирал), как знак переноса, как знак сокращения (г-н, ж.-д.). Тире – пунктуационный знак, обозначающий различные синтаксические связи между словами («Рубин» – чемпион).

Слово орган восходит к греческому ὄργανον, но в русский язык это слово в современных значениях заимствовано из польского, где оно также употребляется в отношении государственных или общественных организаций и учреждений.