Сочетание я думала употреблено здесь в функции вводного, оно имеет модальное значение «неуверенность, предположение» и тесно примыкает к союзу а, находящемуся в начале предложения. Таким образом, корректно: А я думала, сова.
Д. Э. Розенталь описал закономерность, в соответствии с которой запятая в приведенном Вами случае не ставится.
«При двух однородных членах предложения с повторяющимся союзом и запятая не ставится, если образуется тесное смысловое единство (обычно такие однородные члены не имеют при себе пояснительных слов): Кругом было и светло и зелено (Т.); Он носил и лето и зиму старую жокейскую кепку (Пауст.); Прибрежная полоса, пересечённая мысами, уходила и в ту и в другую сторону (Сем.); Он был и весел и печален в одно и то же время.
Такие смысловые единства образуются словами с ассоциативными (часто антонимическими) связями: и брат и сестра; и родители и дети; и отцу и матери; и с сыном и с дочерью; и друзья и враги; и слава и позор; и зрение и слух; и тело и душа; и глухой и немой; и море и горы; и музыка и пение; и стихи и проза; и любовь и ненависть; и радость и горе; и зимой и летом; и ножи и вилки; и блюдца и чашки; и он и она».
В приведенный ряд примеров вписывается и сочетание из Вашего предложения и вверху и внизу. Сочетание обособляется как пояснительный член предложения.
В обоих случаях содержание вопроса (вопросов) представлено в придаточном изъяснительном предложении, связанном с главной частью союзом-частицей ли. Такой вопрос называется косвенным и не требует вопросительных знаков в конце предложения. Косвенные вопросы могут быть связаны с главной частью не только союзом-частицей ли, но и союзным словом, сравним: Остаётся непонятным, как это случилось; Возникает вопрос, кто это сделал.
Отметим, однако, что примеры всё же несколько разные. Во втором из них вопрос всего один и придаточное зависит от сказуемого остается непонятным, так что допускается только один вариант оформления — тот, который приведен в ответе.
В первом же примере вопросы относительно самостоятельны и им предшествует обобщающее слово следующие (сравним вариант без этого слова и с более тесной связью между придаточными: ...возникают вопросы, допустимо ли данное обстоятельство с точки зрения законодательства об охране труда и не противоречат ли отдельные положения указанных документов требованиям охраны труда), поэтому, кроме приведенного в ответе варианта, возможно и оформление прямых (уже не косвенных) вопросов в виде нумерованного списка:
...возникают следующие вопросы:
1. Допустимо ли данное обстоятельство с точки зрения законодательства об охране труда?
2. Не противоречат ли отдельные положения указанных документов требованиям охраны труда?
После присоединительного союза (в начале самостоятельного предложения) запятая обычно не ставится, так как союз тесно примыкает к следующему за ним вводному слову. Однако запятая возможна при интонационном выделении вводных слов. Окончательное решение принимает автор текста.
Корректная пунктуация: Антон Антонович был, несмотря на небольшие нарушения, хорошим городничим. Обороты, присоединяемые предлогом несмотря на, обычно обособляются (за исключением тех случаев, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу).
Слова «как полагается», «как положено» не являются вводными и не обособляются, если они входят в состав сказуемого или тесно связаны с ним по смыслу.
Запятая не требуется: Интересно, что вам помешало сделать все как положено.
В этом случае сравнительный оборот тесно связан со сказуемым и составляет смысловой центр предложения: смысл предложения не в том, что она умела произносить русский (звук) Н, а в том, как именно она его умела произносить.
Не обособляется деепричастный оборот, тесно связанный по содержанию со сказуемым и образующий смысловой центр высказывания. На наш взгляд, в Вашем предложении запятая все же нужна, так как предложение содержит два смысловых центра – сказуемое и деепричастный оборот.
Обычно обособляются обстоятельства с предлогом ПО и именем собственным (часто - в начале предложения). Однако в Вашем примере запятые не нужны: слова "по Иванову" служат для введения придаточного предложения и при этом тесно связаны со сказуемым.
