Первые варианты являются правильными: сравнение эукариот и прокариот. См. в электронном орфографическом словаре.
Первый вариант общеупотребительный, стилистически нейтральный; вариант пенье характерен для разговорной и поэтической речи.
Предлог оставляют в первом элементе перечне, союз если обычно повторяют в каждом элементе.
Первый согласный т в слове паштет произносится мягко, произношение паш[тэ]т неправильно.
Как... так и – двойной союз. Запятая перед первой частью двойного союза не ставится.
Первый вариант соответствует строгой литературной норме. Слово оббить характеризуется как разговорное, см. словарь.
Первый компонент склоняется, второй (оглы) нет. Подобное склонение отражено в «Словаре имен собственных».
Если это официальное название организации, то прописная буква нужна только в первом слове.
Сокращение возможно, но точку в первой части ставить не нужно. Распространено сокращение ССП.
Ударение на первом слоге: нужно. Ударение проверяется в словарном порядке (по словарю ударений).
