Полагаем, что использование такого феминитива некорректно, так как в разные эпохи и в разных обществах диаконисами называли то женщин, служащих при церкви, то женщин, имеющих определенный чин церковного клира (фактически исчез к началу II тысячелетия, а окончательно — в эпоху Средневековья). 

Дополнительные знаки препинания не требуются. Малоизвестной пишется слитно.

Это правда лишь отчасти: в последние десятилетия пишущих (в частности, в соцсетях) стало много больше, поэтому неграмотность стала заметнее. 

Корректно по отношению к исторической эпохе: поздняя Античность.

Слово Античность как название исторической эпохи следует писать с прописной буквы (см. словарную фиксацию). Прилагательное поздний в сочетании поздняя Античность пишется со строчной буквы по аналогии с сочетанием раннее Средневековье (см.:  Лопатин В. В., Нечаева И. В., Чельцова Л. К. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М., 2011).

Возможно, так будет лучше:

Считается, что первые переводы работ Гумбольдта (например, выполненный Б. Яроцким перевод труда «О сравнительном изучении языков в разные эпохи их развития») появились именно в России.

Запятая нужна: союзное слово что присоединяет придаточное изъяснительное предложение. Обратите внимание, что слово природа заключать в кавычки не требуется: Рассматривая тему «Философия природы в эпоху экологических вызовов современности», нужно определить, что такое природа.

Ошибок в написании не видим. На наш взгляд, избыточны кавычки при слове знакомый.

Пишется с большой буквы - как географическое наименование.

Тире ставить не нужно. Слово Рунет принято писать с большой буквы.

В названиях войн (как и вообще в названиях исторических эпох и событий, календарных периодов) с прописной буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные: Испано-американская война, Франко-прусская война, Русско-турецкая война 1877–1878, Война Алой и Белой розы, Война Севера и Юга. Во множественном числе написание с прописной буквы первого слова в большинстве случаев сохраняется: Греко-персидские войны, Итало-эфиопские войны,  Русско-турецкие войны, Балканские войны.

Что касается пункта В: слова первая, вторая пишутся с прописной в, если можно так выразиться, официальных названиях войн, напр.: Первая мировая война, Вторая мировая война. Название первая арабо-израильская война таковым не является, поэтому корректно его писать строчными (но с прописной – общепринятое собственное название Арабо-израильская война 1948–1949). То же касается второй греко-персидской войны: поскольку собственное название исторической эпохи – Греко-персидские войны, такие сочетания, как первая греко-персидская война, вторая греко-персидская война и под., представляется правильным писать строчными.