В русском письме не каждая пауза, возникающая при чтении предложения, отмечается запятой (и наоборот: запятая может быть поставлена там, где при чтении нет паузы), потому что основной принцип русской пунктуации — грамматический (синтаксический, структурный). В приведенном примере союз и соединяет два однородных сказуемых, которые относятся к подлежащему Антон из предыдущего предложения; само это предложение с однородными сказуемыми неполное. По грамматическому принципу запятая здесь не требуется.
Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется.
Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал.
Если возникает необходимость написания подобных прилагательных с прописной буквы, то слитное написание меняется на дефисное. Правильно: Северо-Кавказский военный округ. Однако Дальневосточный пишется слитно, т. к. существительное восток не является именем собственным.
Двоеточие здесь уместно, поскольку вторая часть бессоюзной конструкции поясняет первую.
В этом предложении союз и соединяет два однородных сказуемых (не любила и виновата), которые относятся к подлежащему я. Грамматический принцип пунктуации не предполагает постановки здесь какого-либо знака препинания. Вместе с тем перед союзом можно поставить тире в соответствии с семантическим принципом — для обозначения резкого и неожиданного перехода от одного действия или состояния к другому: Я его не любила — и виновата поэтому.
Корректно: ...состоит в том, что...
После оттого ставится запятая, если на это слово падает логическое ударение. В ином случае запятая не ставится.
Если объединить эти предложения, то принцип тот же. Если на оттого падает логическое ударение, то верно: ...а по принципам советской конторы оттого, что она, по сути, формировалась... Если оттого не выделяется интонацией, то верно: ...а по принципам советской конторы, оттого что она, по сути, формировалась...
Обратите внимание, что здесь не вполне ясно, какое слово заменяет местоимение она: группа или контора.
