Запятая нужна: придаточная часть со значением условия должна быть выделена запятыми с обеих сторон.

1. Для определенного ответа на вопрос нужен контекст. 2. Оба варианта корректны.

В контексте перечисления однородных сказуемых неуместен оборот с союзом как, первая часть которого представляет собой отдельную грамматическую основу (три года, как...): Аня и Катя были неразлучными подругами, жили в одном доме, уже три года сидели за одной партой и даже своим собакам дали одинаковые клички. Сравним предложение без перечисления: Уже [прошло] три года, как Аня и Катя сидели за одной партой...

Все предложения корректны и по смыслу синонимичны, но имеют стилистические различия. Вариант с бессоюзным сложным предложением уместен в повествовании, например: Захожу в комнату. Вижу: кот спит (двоеточие в бессоюзном сложном предложении с изъяснительными отношениями можно заменить на тире). В этом же контексте может быть употреблено и предложение Вижу спящего кота, но повествование будет менее динамичным, а действительное причастие настоящего времени (спящего) придаст ему книжный характер. Такое предложение более уместно в описании, где спящий кот — одна из деталей картины, например: Вижу уютную комнату. Вижу спящего кота. Вижу часы на стене...

Такое употребление (бежать кого-чего) характерно для стихотворной речи XVIII–XIX вв., ср. у А. С. Пушкина: Их горделивые дружины / Бежали северных мечей. Современной норме литературного языка это употребление не соотвествует.

С грамматической точки зрения оборот включая проведение исследований относится к сочетанию с профилактической целью.

Это предложение вне контекста может быть понято по-разному, и в зависимости от смысла в нем возможны варианты постановки знаков препинания, например:

• Я думаю, потому, что это позволяет больше их [очевидно, ошибки] не допускать (предложение отвечает на вопрос Почему ты это [действие названо в контексте] делаешь?; я думаю — вводная конструкция, подчеркивающая субъективность говорящего);
• Я думаю, потому что это позволяет больше их не допускать (сложноподчиненное предложение с придаточным причины; главная часть отвечает на вопрос Что ты делаешь?, придаточная — на вопрос Почему ты думаешь?).

Сочетание в целом не выделяется запятыми.

Да, в предложении Я делал всё, как ты просил нужна запятая перед как. Она отделяет придаточное предложение от главного.

Запятая на стыке союзов в данном случае нужна. Изъятие придаточной части не должно приводить к структурной дефектности предложения, но не может гарантировать его семантической полноценности. См. об этом у Д. Э. Розенталя, который, анализируя предложение Григорий… с трудом удержал коня и, когда последняя сотня, едва не растоптав Степана, промчалась мимо, подскакал к нему, пишет: «…при изъятии придаточной части с союзом когда предложно-именное сочетание к нему становится неясным, но в структурном отношении такое изъятие возможно, поэтому запятая между сочинительным и подчинительным союзами в подобных случаях обычно ставится».