Да, конечно.
Да, можно переносить так: ма-льчик, бо-льшой.
Допустимы оба варианта: сегод-ня и сего-дня.
Из "Полного академического справочника" под ред. Лопатина:
"§ 219… Факультативное правило. При переносе может потеряться различие между написаниями слов слитно и через дефис; ср.: военно-обязанный (пишется военнообязанный) и военно-морской (пишется военно-морской). Для сохранения различия надо во втором случае повторить дефис в начале перенесенной части: военно- / -морской. Это правило применяется по желанию пишущего".
Правильный перенос: програм-мный. Одно из основных правил переноса: разбиваются переносом удвоенные согласные, входящие в корень или образующие стык корня и суффикса. Другие допустимые переносы: прог-раммный, про-граммный. Слово программа может быть перенесено такими способами: про-грамма, прог-рамма, програм-ма.
Корректны варианты: счёт/-счёт-фактура, счёт/счёт--фактура (в этом случае можно повторить дефис на новой строке), счёт/счёт-фак-тура.