Текст подстрочного примечания, как правило, не согласуется с формой поясняемого текста – ведущее слово независимо от падежа поясняемого слова ставят в именительном падеже. Текст примечания, как самостоятельное предложение, необходимо начинать с прописной буквы и в конце ставить точку. Обязательного требования повторять поясняемое слово в тексте примечания нет, но для полноты примечания это имеет смысл сделать. Итак, правильно:
На гаке* было 5 барж.
* Гак – буксирный крюк.
Об обособлении слова пожалуйста можно прочитать в «Справочнике по пунктуации».
Лучше всего приобрести сборник в книжном магазине.
Это зависит от стиля текста. В научном или официально-деловом тексте, конечно, следует использовать знак %, а в текстах художественной и близкой ей литератур уместно использовать словесную форму.
Если определение (обычно обособленное) стоит после счетного оборота, то чаще оно ставится в форме именительного падежа множественного числа. Таким образом, предпочтительно: три файла, упомянутые...
Верно: писаное, писаные.
Это зависит от смысла. Без наращения (К 90 суткам) фраза читается так: К девяноста суткам. А с наращением (К 90-м суткам) так: К девяностым суткам.
