Пояснительный оборот, вводимый союзом или, нужно выделить с двух сторон: Золотистый каранкс, или голубой каранкс (лат. Caranx crysos), — вид морских лучеперых рыб.

Что имел в виду пищущий, нам неизвестно, однако порядок слов в предложении указывает на вариант "захоронение размером 1х2 м". 

Сочетание не сомневаюсь нужно выделить как вводное — с его помощью говорящий выражает высокую степень уверенности в сообщаемом. С точки зрения синтаксиса приведенный пример интересен тем, что это вводное сочетание находится внутри другой вводной конструкции — предложения как вы знаете, указывающего на источник сообщения: ...как вы, не сомневаюсь, знаете...

В этом предложении причастный оборот необходимо выделить запятыми, так как он стоит после определяемого слова дети.

Вариативность, связанная со значением причины, могла бы возникнуть, если бы причастный оборот находился перед определяемым словом. В этом случае, если бы автор намеревался сказать, что дети не могли уснуть, потому что были разбужены грозой, причастный оборот нужно было бы отделить запятой (Разбуженные грозой, дети не могли уснуть), хотя по общему правилу запятая здесь не нужна.

Наречие всё равно не является вводным сочетанием.

Да, в этом предложении обязательно нужно как-то выделить не, чтобы подчеркнуть, что здесь это слово указывает на частицу не, а не используется как отрицание к пишутся. Подойдут кавычки, курсив или любой другой способ выделения:

Глаголы с частицей «не» пишутся раздельно.

Глаголы с частицей не пишутся раздельно.

Придаточное сравнительное нужно выделить запятыми: Расходы сложились в меньшем, чем планировалось, объеме.

В данном случае это вводное слово, выражающее предположение: Может, что-то случилось? 

Обстоятельство в списке «Основная информация» действительно уместно выделить запятыми как уточнение, чтобы прояснить смысловые связи в предложении. При отсутствии обособления получается, что главный экран приложения или само приложение находится в списке.

Корректно выделить в слове прогресс приставку про-, сравнив его с однокоренным регресс.