Запятая ставится, так как это сложносочиненное предложение, то есть предложение с двумя грамматическими основами (проект был отклонен и служебная записка была подготовлена). Причин, по которым запятая в сложносочиненном предложении не ставится, здесь нет.

Второй вариант (с согласованием) предпочтителен.

Написание безсрочный, безсрочно с буквой з — старая норма русской орфографии, о которой можно прочитать в книге Я. К. Грота «Русское правописание» 1885 г. (с. 43). Но прошло уже более 100 лет с того времени, как правила написания приставок на з/с изменились, и стало правильно писать бессрочный, бессрочно. Убедиться в этом можно с помощью современных словарей и правил орфографии.

Это, безусловно, авторский знак. Его использует, в частности, Н.  Г. Никонов в романе «Весталка» (Свердловск: Средне-Уральское книжное издательство, 1991. 544 с.): «В ряде случаев автор употребляет в романе двуточие — там, где традиционное многоточие кажется излишне многозначительным» (с. 4). Будем признательны, если приведете примеры использования такого знака в письмах начала ХХ века. 

Слово намазка зафиксировано словарями русского литературного языка (см., например, здесь). Однако значение, приведенное Вами, пока не отмечается. Полагаем, что это вопрос времени. Слово намазка встает ряд слов с близкой словообразовательной структурой и значением, например: замазка, завертка, заедки, запивка и др. Слова этого ряда разговорные, то есть они входят в литературный язык, но воспринимаются как несколько сниженные. 

Предпочтительная пунктуация: Действующее требование к максимальному количеству этажей: «Четыре этажа, при этом допускается размещение дополнительного мансардного этажа в скатных крышах при соблюдении максимальной высоты зданий, строений, сооружений в соответствии с Правилами землепользования и застройки» — заменено новым: «Четыре этажа, включая мансардный».

Если Вы приводите точные цитаты из законов, знаки препинания в этих цитатах лучше расставлять так же, как в оригинале.

Слова на кибер… в «Русском орфографическом словаре» и других современных словарях даны в слитном написании. Разница в рекомендациях с «Современным словарем иностранных слов» объясняется тем, что последний был издан в начале 1990-х годов, когда такие слова только появлялись и написания их еще не устоялись. Так что в целях унификации лучше писать такие слова слитно. 

Верно: Внутри музыкальной шкатулки были медные валики с тонкими стальными шипами, и около каждого валика сидела на бронзовом рычажке медная стрекоза, бабочка или жук. Первая запятая разделяет части сложносочиненного предложения, вторая разделяет однородные подлежащие.