Сочетание того же цвета играет роль несогласованного определения при местоимении нечто и обособляется потому, что при нем уже есть согласованное определение (плавно летящее). Перед словом что запятая ставится, чтобы отделить части сложноподчиненного предложения: слово что здесь равнозначно слову какой, оно выражает отношения сходства или соответствия тому, что считается нормальным, обычным (сравним примеры, приведенные в параграфе 2910 академической «Русской грамматики»: Мысли были все те же, что в прошлую ночь...; Малинин испытал то же чувство, что и многие люди, сражавшиеся в те дни под Москвой). Вводное сочетание скорее всего не отделяется запятой от поясняющего приложения чайка (оно поясняет неопределенное местоимение нечто): Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, скорее всего чайка. Как вариант, можно отделить это приложение с помощью тире — в таком случае перед этим тире нужна запятая, закрывающая придаточную часть, и вводное сочетание внутри пояснительной конструкции также выделяется запятой: Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, — скорее всего, чайка.
В словарях З. А. Потихи и А. Н. Тихонова представлены разные подходы к членению основы слова.
Словарь З. А. Потихи затрагивает проблемы словообразования, но это скорее морфемный словарь: он указывает, из чего состоят слова, а не как они образованы. Словарь опирается на структурный анализ основы слова, при котором выделяются узнаваемые для носителя современного русского языка морфемы.
Словарь А. Н. Тихонова, напротив, фиксирует результаты исключительно словообразовательного анализа на основе смысловых связей между словами в современном русском языке, то есть опирается на реально существующие словообразовательные связи.
Этимологически прилагательные легкий, мягкий, редкий со значением ‘характеризующийся, обладающий тем, что названо производящим существительным’ образованы от существительных при помощи суффикса -к-. Такая словообразовательная модель сохраняется в современном языке (ср.: гул → гулкий, жар и жара → жаркий, вес → веский, пыл → пылкий, низ → низкий и т. п.), что позволяет при морфемном анализе выделить суффикс -к- по аналогии.
При синхроническом словообразовательном анализе возникает вопрос о значении корней ред-, мяг-, лег- в отличие от корней типа гул-, жар- и т. п., рассмотренных выше. Поэтому в словаре А. Н. Тихонова слова легкий, мягкий, редкий считаются непроизводными с корнями редк-, мягк-, легк-.
Если слово образования зависит от слова месяцем (следующего за месяцем... образования), то запятая не нужна.
Обстоятельство по своей горячности может быть обособлено для попутного пояснения или смыслового выделения — см. параграф 74 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Что касается второго предложения, то возможны варианты:
1. Он старался каким-нибудь образом, конечно же незаметно, дать знать Иешуа...
2. Он старался каким-нибудь образом — конечно же, незаметно — дать знать Иешуа...
3. Он старался каким-нибудь образом (конечно же, незаметно) дать знать Иешуа...
Оба варианта корректны, однако они выражают разные оттенки смысла.
По правилам оформления прямой речи внутри авторских слов после первой реплики, заканчивающейся восклицательным знаком, ставится тире. Поскольку реплики представляют собой законченные высказывания, их уместно начинать с прописной буквы: О чём-то абсурдном, странном мы часто говорим: «Что за бред!» — а о сложном, мудрёном: «Это какая-то китайская грамота!»
Однородные сказуемые могут быть выражены глаголами разного вида.
Тире в предложении нужно. Оно однозначно показывает, что сочетание в России входит в состав подлежащего, а не сказуемого. Без тире восприятие предложения будет затруднено. Ваше предложение можно подвести под правило: тире перед сказуемым-прилагательным ставится при логическом или интонационном членении предложения (Д. Э. Розенталь. Справочник по русскому языку. Пунктуация. § 5, п. 10.1). Обратите внимание: стилистически предложение небезупречно, так как и группа подлежащего, и группа сказуемого заканчиваются сочетанием предлога в с существительным со значением места. Предложение можно перестроить: Российское озеро Байкал самое глубокое в мире.
Нужны две запятые: до и после слова "напротив".
Здесь авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение. О таких случаях идет речь в примечании 2 к параграфу 48 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.