В указанной позиции необходима запятая, она закрывает причастный оборот. Если не поставить запятую, получится, что сочетание на 3 л. в 2 экз. характеризует не лицензию, а коммерческую тайну.

Сколько-нибудь точно на этот вопрос ответить невозможно по следующим причинам. Хронологические границы «современного русского языка» не могут быть точно определены. Зыбкими являются границы между литературным языком и многочисленными нелитературными разновидностями русского языка, лексический состав которых подвижен и полностью не описан. Выделение корня во многих словах представляет собой нетривиальную задачу, поскольку в результате исторического развития русского языка границы между морфемами стираются или перемещаются.

В качестве словарей корней могут выступать словообразовательные словари. Так, в «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова (М., 1985) включено почти 145 000 слов. При этом в словаре 12 621 словообразовательное гнездо и еще 5 497 одиночных слов. Таким образом, получается 18 118 корней. Но это число должно быть несколько уменьшено, потому что слова со связанными корнями (типа отвыкать, привыкать) даны в словаре как вершины самостоятельных гнезд.

По правилам русской орфографии не допускается на стыке корня и суффикса, а также двух суффиксов двойная согласная ч. Долгий согласный звук ч передается здесь сочетанием букв тч. Поэтому правильно: Донетчина. Ср.: неметчина от немецкий.

Произносим твердо, а пишем букву е, а не э — такова закономерность русского письма. Ср.: партер, темп, термос, спрей, модель и др. Не в начале корня после согласных буква э пишется для передачи гласного э и одновременно для указания на твердость предшествующего согласного только в немногих нарицательных словах иноязычного происхождения. Раньше их было совсем мало (мэр, пэр, сэр), в последние годы список исключений расширился (ср.: сэндвич, фэнтези, фэншуй и др.). Но всё-таки языковеды пытаются максимально сдерживать этот процесс и подавляющее большинство новых заимствований кодифицируют в словарях в написании через е, например: бренд, тренд, лейбл, секонд-хенд, хештег и многие другие. 

Ваш учитель прав: предложение неудачно. 

Мы рекомендуем склонять это название: на берегу реки Тускари. Судя по материалам в Сети (включая "Национальный корпус русского языка"), название не редкое, оно встречалось даже в текстах Лескова и Фета (и, например, Фет его склонял).

Двоеточие не сохраняется. Многоточие не только указывает на пропуск слов в тексте, но и на пропуск знаков препинания, таких как запятая, двоеточие, тире.

Запятая перед чтобы необходима, а во избежание двусмысленности можно перестроить предложение. 

Использование аббревиатуры, как в случае с ООН, в сочетании с родовым словом (организация) допустимо.