В исторических документах есть оба названия.
Правильно: в две тысячи девятом году.
Сочетание нулевые годы можно писать без кавычек, употребление его устоялось.
В составных порядковых числительных изменяется по падежам только последнее слово. Правильно: две тысячи сто первый год, две тысячи сто первого года, в две тысячи сто первом году.
Правилен первый вариант. В сочетаниях с количественными числительными употребляется особая форма родительного падежа множественного числа — лет, например: два года, до двух лет, двум годам... пять лет, пяти лет, к пяти годам... В некоторых словарях эту форму называют счетной, она существует параллельно с формой годов, ср.: люди тридцатых годов и прошло тридцать лет. Ср., например, грамматические сведения о слове год в орфографическом и толковом словарях.
Для постановки запятых нет оснований, пунктуация верна. Рекомендуем перестроить предложение так, чтобы в нем не встречались два однокоренных слова (подготовить и подготовка).
Верно: НЕ один.
Этот вопрос поднимается регулярно. В практике письма используются оба варианта. Вариант Алма-Ата обычно используется в России, вариант Алматы принят в Казахстане.
Со словом года верно: с 2000 года.