В составных порядковых числительных изменяется по падежам только последнее слово. Правильно: две тысячи сто первый год, две тысячи сто первого года, в две тысячи сто первом году.
Последние ответы справочной службы
Поскольку такая конструкция вряд ли возможна в деловой и научной литературе, следует воспользоваться рекомендациями, согласно которым в художественных или публицистических текстах предпочтительна словесная форма обозначения числа. В то же время при выборе цифровой или словесной формы следует руководствоваться и общими принципами такого обозначения, приведенными, например, в справочных изданиях А. Э. Мильчина и его соавторов.