Корректно: бухгалтеры.
Ударение на окончание не переходит: инструктажи, инструктажей и т. д.
Если "Фармапоиск" - это собственное название навигатора, то нужно заключить это слово в кавычки.
Фраза синтаксически не согласована.
Оба варианта корректны.
Да нет, конечно — нечленимое предложение.
Обстоятельство в срок до... конкретизирует обстоятельство предварительно с более общим значением, а значит, в срок до... нужно выделить запятыми как пояснение.
Да, предлог на протяжении во всех случаях пишется с буквой и.
Словосочетание «коллега по цеху» корректно, плеоназмом оно не является.
Для ответа на этот вопрос желателен контекст предложения. Так, если в предложении сравнительный оборот играет роль сказуемого, он не отделяется запятой (см. пункт в) параграфа 90 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина): У него здоровье как у космонавта. В других случаях возможны другие пунктуационные решения.