Действительно, отступления от этой рекомендации справочника весьма многочисленны. Следует придерживаться дефисного написания первой части фамилий Мак-, в том случае если нет устойчивой традиции слитного написания (фиксация в заслуживающих доверия словарях, энциклопедиях, специализированной литературе и т. п.).

В приведенном Вами предложении правильно раздельное написание: Прошу предоставить отгул за ранее отработанное время. Это легко проверить: слово ранее можно оторвать от за и переставить в другое место предложения: Прошу предоставить отгул за отработанное ранее время.

Да, слово «верхнеуровневый» пишется слитно.
Слово «верхнеуровневый» является прилагательным, образованным от сочетания «верхний уровень». В русском языке подобные сложные слова, образованные из двух самостоятельных слов, связанных подчинительными отношениями, пишутся слитно. 

Деепричастный оборот, в начале которого стоят частицы только, лишь, интонационно не отделяется от предшествующей части предложения (при чтении пауза перед ним не делается), но запятая перед ним обычно ставится: Обрести свободу можно, только став невольником права.

Это предложение построено некорректно вне зависимости от того, слитно писать небольшая или раздельно. Союз а используется для противопоставления (и не равен по значению союзу но). При этом слова большой и интересный не могут противопоставляться друг другу.

Да, склонение мужской фамилии Горай обязательно. Женская фамилия не склоняется. В русском языке склоняются все мужские фамилии, которые оканчиваются на согласный, независимо от их языкового происхождения (единственное исключение – фамилии на -ых, -их типа Черных, Долгих).

Всё зависит от того, к чему относится сочетание в количестве 5 (пяти) единиц хранения: если к слову (не подлежащих) хранению, то не нужна, если к слову уничтожению (имеется в виду, сколько документов нужно уничтожить) — нужна.

В целом корректны оба варианта, см. «Письмовник». Множественное число сказуемого предпочтительно, если подлежащее и сказуемое находятся на расстоянии друг от друга (Ряд исследователей, работавших над этой темой, полагают, что...) и в некоторых других случаях.

Оба варианта правильны в зависимости от контекста: если это возражение тому, кто говорит, что Арминэ жить скучно, то целесообразно подчеркнуть отрицание и использовать раздельное написание (не скучно); если это утверждение, то корректным будет слитное написание (нескучно).

Глаголы пойти, уйти, прийти, выйти являются самостоятельными словами, а не формами одного слова. Это однокоренные глаголы, производные от глагола идти (корень -ид-); в производных глаголах пойти, уйти, прийти, выйти корень производящего глагола представлен вариантом (алломорфом) -й-.