Это односоставное номинативное предложение (в школе — назывное). В настоящем времени имеем:

Утро. 10 часов утра.

В прошедшем:

Было утро. Было 10 часов утра.

Во всех этих случаях имеется только один главный член — существительное в И. п. плюс связка (в настоящем времени — нулевая). В примерах типа Было 5 часов вечера вместо сущ. в И. п. наблюдаем количественно-именное словосочетание, вершина которого — числительное — также имеет форму И. п.

Строго говоря, ни подлежащего, ни сказуемого в односоставных предложениях нет, а есть главный член или в форме подлежащего, или в форме сказуемого, или в такой форме, какой главные члены двусоставного предложения вообще не могут иметь. Здесь именно такая ситуация: у подлежащего двусоставного предложения не может быть никаких связок, а у главного члена номинативного предложения она есть.

Попытка интерпретировать подобные предложения как двусоставные обречена на потерю логики. Очевидно, что предложения (Сейчас) 5 часов вечера и Было 5 часов вечера различаются только грамматическим временем. Если видеть в таких предложениях сказуемое было, то немедленно возникает вопрос, почему при переводе этого предложения в настоящее время сказуемое исчезает и предложение становится односоставным. Кроме того, глагол быть может быть полноценным сказуемым только в тех случаях, когда всё предложение нацелено на сообщение (или вопрос) о существовании чего-либо (У вас есть несколько минут для меня?). Здесь ничего подобного не наблюдается.

Знаки препинания расставлены верно.

Правильно (и сейчас, и в 1999 году): пятибалльный. На стыке основы, оканчивающейся на две одинаковые согласные, и суффикса написание двойной согласной сохраняется. Кристальный — это исключение из правила.

Запятая не нужна: ...так что будет где высушить вещи потом.

Здесь запятая не требуется.

Запятая нужна: Она была готова помогать ему, чем могла.

Корректно: Я считаю, что, несомненно, расследовать надо.

Это предложение нельзя назвать предложением с пропущенным компонентом. Расставляя в нем знаки препинания, необходимо сначала определить структуру предложения «на макроуровне»: простое оно или сложное? Предложение сложноподчиненное, части соединяются союзом что. Перед союзом ставим запятую. Далее рассматривается каждая часть отдельно. Первая ничем не осложнена – знаки внутри ее не нужны. Вторая содержит вводное слово несомненно. Оно требует обособления.

Верно: Это было около двух-трех миллионов лет назад.