Запятую ставить не нужно. Эти слова обычно выполняют функцию союза и не обособляются, хотя иногда их выделяют как вводные при соответствующей интонации.

Процесс «срастания» нескольких морфем в одну морфему называется опрощение. Опрощение не происходит одномоментно: вчера были приставка и корень, а сегодня стали одним корнем. Поэтому на вопрос, в какой момент произошло опрощение в том или ином слове, ответить в принципе невозможно. Язык меняется постепенно, со сменой поколений его носителей.

Кое-кто (в основном люди постарше и начитанные дети), конечно, чувствуют связь слова недоразумение со словами ум, разум, знают о существовании приставки недо- (которая, кстати, тоже появилась в результате опрощения). Но чтобы выделить корень и подобрать однокоренные слова, недостаточно просто найти слова с похожими звуковыми фрагментами, нужно еще объяснить связь по значению. Иначе говоря, общий корень – это еще и общий семантический компонент. Слова дом, домовой, домик, домишко обладают общим корнем дом, т. к. тем или иным способом соотносятся по значению со словом дом: домовой – добрый или злой дух, живущий в доме, домик – это маленький дом и т. д.

Значение слова недоразумение трудно свести к разуму. Вот словарные толкования: 1) ошибочное, неполное понимание чего-л.; то, что произошло в результате такого понимания; 2) отсутствие взаимного понимания, несогласие; конфликт. А слово разуметь, как Вы правильно заметили, не является частотным в языке. Утрата языком производящего или однокоренного слова, наряду с утратой смысловых связей между когда-то однокоренными словами, часто становится причиной опрощения.

То, что часть носителей языка еще ощущает смысловую и структурную связь слов разум, ум, разуметь, разумение, недоразумение, говорит о том, что процесс опрощения еще не завершен. 

Увы, Ваших предыдущих вопросов мы не получили. 

По сути ответим следующее. В контекстах "Среди долины ровныя...", "...средь зеленыя дубравы...", "Богоподобная царица // киргиз-кайсацкия орды..." зафиксирована орфографическая норма, которая была изменена в результате реформы 1917-1918 гг. Эта реформа, в частности, устранила разграничения некоторых форм мужского и среднего рода, с одной стороны, и женского рода — с другой: формы местоимений женского рода однѣ и онѣ теперь уравнены с формами мужского и среднего рода одни и они, а формы родительного и винительного падежа прилагательных, причастий и местоимений женского рода –ия, -ыя — с формами мужского и среднего рода на –ие, -ые. Форма притяжательного местоимения ея заменена на её. (Впрочем, воспоминания о них хранят поэтические тексты, например пушкинские: Не пой, красавица, при мне / Ты песен Грузии печальной: / Напоминают мне оне / Другую жизнь и берег дальный; И жало мудрыя змеи / В  уста замершие мои / Вложил десницею кровавой; На крик испуганный ея  / Ребят дворовая семья / Сбежалась шумно…

Согласны, в этом предложении деепричастный оборот должен быть обособлен. Помимо названных Вами факторов, он еще и находится перед глаголом-сказуемым (деепричастные обороты с наречным значением тяготеют к постпозиции).

Предложения грамматически некорректны. 

Слово употреблено правильно. Но в последней части предложения есть проблемы с пунктуацией и грамматикой.