Выбор буквы зависит от того, как функционируют эти организации, насколько можно о них говорить как о самостоятельных организациях или как о частях организаций. Дело в том, что названия частей и отделов учреждений, организаций, а также слова типа президиум, ученый совет, совет директоров, правление и др. пишутся строчными (совет директоров ОАО «РЖД»). Если организации, о названиях которых Вы спрашиваете, обладают всё же самостоятельностью, пусть и находясь в структуре СО РАН, СПР России (т. е. они ближе к официальным названиям общественных  организаций, чем к названиям частей учреждений), то корректно написание с прописной: Совет молодых ученых СО РАН, Совет молодых литераторов Союза писателей России.

Если определение постпозитивно (даже при наличии разделительного союза между определяемыми словами), то оно ставится в форме множественного числа. Таким образом, верно: Органом по сертификации может стать любое юридическое лицо или индивидуальный предприниматель, признающие и выполняющие ее правила.

Корректно: Поскольку это царство находилось тогда под влиянием египетской царицы Клеопатры, которая была последним потомком Птолемея – одного из генералов Александра Македонского, то вместе с нею прекратил свое существование последний оплот греческой державы. 

Запятая не ставится ни до, ни после союза и, т. к. союз соединяет однородные придаточные предложения.

На наш взгляд, это однозначно предложение с уточняющим членом предложения (обстоятельством места). Запятые обязательны.

Транскрипция, отражающая произношение изолированных слов, как правило, в словарях не приводится, поскольку, во-первых, произношение слова существенно зависит от его фонетического окружения, а во-вторых, отдельные особенности произношения есть у каждой формы слова. При этом существуют правила графики, позволяющие соотнести произношение слова с его написанием, и правила орфографии, целью которых является унификация написания слов вне зависимости от их конкретного произношения в определенном фонетическом окружении.

В орфоэпических словарях содержится информация о произношении тех слов, которые представляют затруднения для говорящих (акцентологические и иные орфоэпические сведения).

Тире после а еще не нужно.

Верно: набережная Черной речки.

Это слово в словарях следует искать по форме единственного числа.

Нет оснований ставить эти запятые: Организация ежегодно в установленные заказчиком сроки представляет план мероприятий... Отчет представляется ежемесячно в срок до 15-го числа на бумажном носителе.