Запятые нужны.

Прекрасная идея! Правила орфографии и пунктуации не идеальны, но есть и хорошая новость: они за последние два-три столетия существенно улучшились (как раз благодаря названным Вами ученым-лингвистам). 

Однако знаки препинания - это инструменты письменной речи. Они помогают точнее воспроизвести речь звучащую (паузы, интонации, логическое членение и т. д.). А вот "дважды два" - не инструмент. Согласны? В хозяйстве разные инструменты нужны, и разные возможности их использования. Так и с запятыми: есть разные возможности (иногда один инструмент можно заменить другим, отвертку - шуруповертом), есть гибкие правила использования. 

Сравните с нотной записью: одну и ту же мелодию можно записать чуть по-разному.

В документах чаще всего инициалы имени и отчества располагают после фамилии. Это связано с необходимостью в ряде случаев перечислять ряд лиц, соблюдая алфавитный порядок (по фамилиям).

Оснований для постановки тире нет.

Запятая ставится.

Если звездочка – это знак сноски, то правильно ее поставить перед точкой.

Это наречие.

Запятая не нужна. В сложном предложении с одиночными союзами и, да (в значении «и»), или, либо запятая не ставится, если части сложного предложения имеют общую, поясняемую ими, часть. Ср.: Было у Анны необъяснимое ощущение: еще чуть-чуть и вся эта история кончится; Останавливаться было нельзя: ноги засасывало и следы наливались водой.

Запятая перед и не нужна.

Вот, что об этом пишет М. А. Штудинер в послесловии к «Словарю трудностей русского языка для работников СМИ» (М., 2016): «Современный русский язык унаследовал из древнерусского языка ударение на окончании в существительных, сочетающихся с числительными два, три, четыре, оба: два часа, два шага, два ряда, две стороны. Это реликтовые формы именительного падежа двойственного числа, воспринимаемые современным языковым сознанием как формы родительного падежа единственного числа. Сейчас варианты с ударением на окончании, как в приведенных примерах, постепенно вытесняются вариантами с ударением на корне. В наибольшей степени это касается словосочетания обе стороны, часто звучащего в информационных программах, но, как правило, произносимого журналистами по-новому – с ударением на корне. Мне кажется, что в данном случае еще можно удерживать старую норму».

Добавим, что в корпусе словаря М. А. Штудинера варианты две стороны и две стороны, обе стороны и обе стороны даны как равноправные, однако для журналистов рекомендовано ставить ударение на окончании.