Трудно дать единственный общий совет. Каждый такой случай нужно разбирать отдельно. Например, в названии "полимедэл" использование Э оборотного вполне уместно, если это слово образовано способом аббревиации и в его состав входит компонент ЭЛ - электризованный.

Что же касается слова стендовер, то вряд ли можно считать в данном случае написание с Э правильным, поскольку в русском языке давно существует существительное стенд, а также слова стендовый, стендист, которые пишутся с Е.

Должны заметить, что составителям орфографических справочников часто приходится мирить орфографическую теорию и во многом стихийно складывающуся практику письма, отсюда и те непоследовательности, на которые Вы указываете. Вопрос об употреблении Е или Э на месте звука [e] перед твердой согласной - один из самых сложных в этом отношении вопросов современной русской орфографии.

При образовании слов, начинающихся с и, при помощи приставок иноязычного происхождения гипер-, дез-, интер-, контр-, пост-, суб-, супер-, транс- буква и на ы не заменяется, напр.: гиперинфляция, дезинформация, дезинтеграция, контригра, постимпрессионизм, постинфарктный, субинспектор. Поэтому правильно: субинститут.

Правильно: при отправке письма (куда) в аптеки. "Школьное" правило таково: нужно проверить безударное падежное окончание при помощи слова с ударным падежным окончанием, относящегося к тому же склонению. Например: аптека - река, от аптеки - от рекИ.

Абстрактные существительные на -ия в целом неохотно образуют формы множественного числа. Многие словари дают при слове развитие помету "только ед.". Однако кажется, что в действительности цитируемый Вами слоган звучит иначе: Основано на реальных событиях. 

Такое употребление корректно. В "Большом толковом словаре" одно из значений слова аптека - набор лекарств для оказания первой медицинской помощи или несложного домашнего лечения; шкафчик, ящик, футляр для такого набора.

Соответственно, аптечка - небольшой набор такого типа.

Очевидно, авторы текстов или составители сборников пословиц в некоторых случаях стремятся подчеркнуть противительные отношения частей при помощи тире, хотя противопоставление в этих примерах уже выражено союзом да, поэтому тире в них выглядит излишним, запятой будет вполне достаточно.