Указанные запятые не требуются.

Правильно: по возникающим... вопросам. Запятую перед словами "прежде всего" нужно либо убрать, либо дополнить запятой после слова "органов".

Грузинские фамилии на -ия склоняются так же, как существительные на -ия: Данелии, о Данелии.

Этимологически слово красный восходит к корню крас- (краса), исходное значение — ‘красивый’. С течением времени прилагательное красный стало употребляться как обозначение цвета и утратило связь с этимологическим корнем крас-. В современном языке слово красный является непроизводным, имеет корень красн-. Еще одним подтверждением этого факта является отсутствие словообразовательной модели, по которой с помощью суффикса -н- могли бы образовываться другие качественные прилагательные.

В прилагательном красивый, образованном от существительного краса, выделяются корень крас- и суффикс -ив- (вариант суффикса -лив-). По этой словообразовательной модели образовано много прилагательных, например: талант → талант-лив-ый, совесть → совест-лив-ый, правд-а → правд-ив-ый, фальш-ив-ый, спесь → спес-ив-ый и др. Суффикс образует прилагательные со значением свойства или качества, связанного с тем, что названо производящим словом.

Вы корректно расставили знаки препинания, запятые нужны. Сочетание произошла перемена как по мановению волшебной палочки не фразеологизм, иначе говоря — сравнительный оборот не является компонентом фразеологизма, в отличие от сочетаний типа глуп как пробка или вертится как белка в колесе.

Действительно, первый вариант допускает двоякое толкование. Фразу следует перестроить, руководствуясь логикой.

Предложенный Вами вариант корректен.

Нет, знаки препинания расставлены неправильно.
Исправленный вариант: Овраг, образованная водотоками ложбина, с разбегу выскакивает на песчаный берег, скрипучие вязы резко останавливаются, подавшись назад, но ручья удержать не могут — хрустальной струёй он вливается в реку, собирая на песчаной отмели шаловливых рыбешек, безобидно маленьких и ни на что не годных.