При отрицании в ряде случаев требуется родительный падеж, в ряде случаев – винительный, а нередко возможны обе формы. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».

Слово коронавирус, как многие медицинские термины, было заимствовано из медицинской латыни. Сначала оно использовалось только в узкой профессиональной сфере, естественно в форме наиболее близкой к источнику – с гласной а на конце первой части. Написание коронавирус прочно закрепилось. Попав в общелитературный язык из-за пандемии, слово коронавирус, конечно, стало испытывать колебания. Многие носители русского языка, незнакомые с латинским термином, переосмыслили словообразовательные связи и структуру слова и восприняли конечную гласную первой части как соединительную. В русском языке в качестве соединительных гласных в основном (но не исключительно) используются о и е. Интуитивно многие стали писать короновирус. Однако термин попал в академический орфографический словарь несколько лет назад, он был зафиксирован с этимологически мотивированной гласной а. И надо сказать, в СМИ термин писали и пишут в соответствии со словарной рекомендацией, отступления встречаются редко. Оснований менять написание сейчас нет.

Слово республика действительно восходит к латинскому языку (от rēs рūbliса, букв. «общественное дело»). Таким образом, буква «с» в этом слове – из латыни, она не была добавлена в русском языке. А вот в западноевропейских языках она и правда пропала: англ. translation>republic, нем. translation>Republik, фр. translation>république, исп. translation>república, итальянцы же «компенсировали» утраченную «с» второй буквой b: translation>repubblica.

По-видимому, «с» утратилась в Средние века в результате фонетических изменений в романских языках. По крайней мере, англичане уже заимствовали это слово из французского языка без буквы «с». Вот цитата из вебстеровского словаря английского языка о происхождении английского слова republic: «French république, from Middle French republique, from Latin respublica».

Смысловой разницы между вариантами кулинария и кулинария нет. См., например, фиксацию в «Большом толковом словаре» под ред. С. А. Кузнецова. Ударение на а обусловлено происхождением слова: в латинском culinarius 'кухонный' акцентировался именно третий слог. Однако в русском языке ударение в этом слове давно имело тенденцию к смещению на и. Еще в «Толковом словаре русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова (М., 1935–1940) были отмечены оба произносительных варианта. В дальнейшем некоторые словари характеризовали вариант кулинария как разговорный или допустимый, но в радио- и телеэфире словарем «Русское словесное ударение»  М. В. Зарвы (М., 2001) было предложено говорить именно кулинария.

Да, тире необходимо: Катя, которая заняла призовое место, – школьница.

Фраза построена таким образом, что причастный оборот можно понять как обстоятельство причины ("поскольку место было защищено скалами, оно было далеко"). Хотя смысл основной части предложения такое обстоятельственное значение опровергает. Это значит, что предложение "неисправно" со стилистической точки зрения, нужно его перестроить: Это место, защищенное скалами, было далеко от маяка.

Корректно с родительным падежом (Ваш первый вариант).

1. Знаки препинания расставлены верно.

2. Эту фразу несобственно-прямой речью назвать нельзя. В несобственно-прямой речи не используются никакие глаголы, вводящие чужую речь, т. е. отсутствует формальный сигнал перехода от авторской речи к чужой. Пример несобственно-прямой речи: Он вышел на улицу, посмотрел на небо. Какие яркие звезды! Вероятно, мороз станет еще сильней.

Ошибки нет.