Общего правила на этот счет не существует.
В гражданской дореформенной печати омега не использовалась (она не была включена Петром I в реформированный им алфавит). Поэтому можно говорить только о правилах употребления омеги в нормализованной церковнославянской орфографии. Омега здесь употребляется в греческих заимствованиях в соответствии с греческой омегой (канωнъ), в предлогах и приставках (ω, ωбъ, ωчистити), на конце наречий и некоторых союзов и частиц (ранω, оубω), в окончаниях форм родительного падежа, в том числе для их отличия от омонимичных форм винительного падежа или омонимичных начальных форм (рабωвъ; егω — род. ед., но его — вин. ед.; плωдъ — род. мн., но плодъ — им. ед.), в окончаниях форм дательного множественного для их отличия от форм творительного единственного (оученикωмъ — дат. мн., оученикомъ — тв. ед.) и некоторых других случаях.
При анализе морфемной структуры слов в современном русском языке слова сторона и пространство считаются однокоренными, в последнем выделяется приставка про- (см. «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой).
При синхроническом словообразовательном анализе слова сторона и пространство описываются как непроизводные, каждое из них является вершиной своего собственного словообразовательного гнезда (см. «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова). Это связано с тем, что словообразовательный анализ современного языка ставит целью описать отношения производности на основе живых семантических связей между словами. Его основная задача — выявить производные и производящие основы и определить словообразовательные средства, при помощи которых образованы производные слова. Эта задача частично связана с членением на морфемы, но центральным понятием является основа, а не корень. Непроизводные словообразовательные основы часто оказываются членимыми, это членение является краеугольным камнем правил русской орфографии и описания морфологических особенностей слова.
Синхроническое же словообразование позволяет глубже вникнуть в строение и изменчивость лексических значений слов.
Поэтому оба типа анализа вполне обоснованы, выбор одного из них зависит от конкретных учебных и научных задач.
Запятая в скобках не нужна.
Словари современного русского литературного языка по-прежнему фиксируют Алма-Ата. Вариант Алматы употребляется в Казахстане. Ситуация аналогична распределению вариантов Таллин – Таллинн: в русском языке сохраняется первый вариант, но в эстонских СМИ, выходящих на русском языке, используется написание Таллинн. Обычно в стремлении сохранить в русском языке традиционные варианты Алма-Ата, Таллин и др. многие хотят увидеть политический подтекст, но его нет. Просто орфография всегда очень консервативна, и в облике многих слов (далеко не только имен собственных) сохраняются следы давно ушедших эпох.
Согласно «Большому толковому словарю русского языка» под редакцией С. А. Кузнецова, а также «Толково-словообразовательному словарю» Т. Ф. Ефремовой, слово балерун употребляется в разговорной речи с оттенком шутливости или иронии.
