Буква и после разделительного мягкого знака обозначает два звука: [jи] (также это может обозначаться [йи]). Поэтому Ваш ребенок прав.

Начнем с основы слова философия. Правильнее всего сказать, что основа философиj, ведь буква я обозначает два звука: [ja], из них только второй является окончанием, а первый принадлежит основе. Но упрощенно можно сказать, что основа в этом слове философи- , а окончание – -я.

Что касается корня, то здесь возможны варианты. Можно выделить два корня, как это сделано в словаре Тихонова: мы хорошо знаем о существовании греческих слов phileo 'люблю' и sophia 'мудрость'. Те же греческие корни в словах филология, филофония; теософия, антропософия. Но можно найти аргументы и в пользу выделения корня философ-: в русском языке это слово не было собрано из двух греческих корней, мы получили его в таком виде из немецкого языка, т. е. в русском языке это слово непроизводно.

Коррекно здесь: уверена, что...

Лучше: чего.

Запятая перед и не нужна, так как союз и соединяет однородные сказуемые (перенести и дать распоряжение).

Запятая нужна. Предложение сложносочиненное, состоит из двусоставных частей, оно не является ни вопросительным, ни восклицательным, в нем нет общих компонентов, которые отменяли бы запятую. 

Корректно: материалы первого и второго ежегодного конкурса работ.

В справочниках указано, что вводные слова и сочетания обычно не отделяются запятой от союзов, стоящих в начале предложения, однако в качестве примеров на это правило приводятся только случаи, когда вводное слово находится рядом с сочинительным союзом, например: И смею вас уверить, вы не ошибётесь в своём выборе; Но так или иначе, предложенный вариант вполне приемлем. Случаи с подчинительными союзами типа ведь, потому что и т. д. в справочниках не рассмотрены. Пока нет чёткой рекомендации справочников, можно посоветовать опираться на интонацию.

Запятая нужна, это сложносочиненное предложение с двумя грамматическими основами.