Сочетание глубокие недра не является плеоназмом. Оно употребляется и в художественной, и в научной литературе: Тут бог знает из каких глубоких недр вылезают наружу старые, заржавленные, давно забытые предрассудки (А. Куприн); Их используют для объяснения процессов, происходящих в земной коре и в глубоких недрах земли, а также для изучения минералообразования (Журн. «Наука и жизнь»)

Неисчислимый — прилагательное со значением 'не поддающийся исчислению, подсчёту; бесчисленный'. От него нужно отличать изредка употребляющееся причастие с частицей не исчислимый, например в предложении: Они так и не взяли в толк, что и кого они ничтожили, какой не исчислимый ни на каких компьютерах ущерб нанесли стране... Здесь причастное значение актуализируется зависимыми словами ни на каких компьютерах.

Да, у слова осень есть формы множественного числа, грамматически верно: осени, осеней, осеням и т. д., например: Но на Широкой так же терпко пахли по осеням дубы... (А. Ахматова)  ― Ей скоро паспорт получать, ― шутит Булыга. ― Шестнадцать осеней. Не годами― осенями отмечают возраст гончих собак (Ю. Коваль). Однако в живой разговорной речи такие формы малоупотребительны.

Ответ содержится уже в самом Вашем вопросе: производные предлоги типа в отношении (кого/чего), в соответствии (с кем/чем) и др. образовались в результате того, что предложное значение приобрели застывшие формы именно предложного падежа существительных отношение и сооответствие, тогда как -е на конце предлога в течение указывает на то, что в его основе лежит форма винительного падежа существительного течение.  

Для определения значения фразеологических выражений необходимо обращаться к фразеологическому словарю (иногда значения фразеологизмов приводятся и в толковых словарях). Например: 

язык

Большой толковый словарь русского языка

Найти общий я. с кем-л. (достичь взаимопонимания; договориться о чём-л.); Язык без костей у кого. О болтливом человеке; Дать волю языку разг. – начать говорить что-л. не стесняясь, не сдерживая себя.

Знаки препинания расставлены верно: О том, как отразилось в организме новотельных коров вскармливание им в сухостойный период добавки «Танамин Zn», включающей в себя лизин, метионин, хелатное соединение цинка и экстракт древесины сладкого каштана, можно судить по материалам, изложенным в данном разделе.

Запятая перед словом как разделяет части сложного предложения; запятая перед словом изложенным выделяет причастный оборот.

В «Большом словаре русских поговорок» В. М. Мокиенко и Т. Г. Никитиной (М: Олма Медиа Групп, 2007) зафиксировано выражение ни хаты ни лопаты (у кого. Волг. Шутл.-ирон. О крайней бедности). Вероятно, выражение ни хаты ни ваты, о котором Вы упоминаете, является одним из поздних вариантов (заимствование вата появилось в русском языке только в XVIII в.).

Запятую ставить не нужно. 

Корректно: Гольбейновой кисти, гольбейновской кисти.

Раздельное написание не заметный правильно в следующих случаях: если есть или подразумевается противопоставление; если при прилагательном в качестве пояснительного слова стоит местоимение, начинающееся с ни (ни для кого не заметный), если не входит в состав усилительных отрицаний далеко не, отнюдь не, вовсе не, ничуть не, нисколько не и т.п., предшествующих прилагательному (нисколько не заметный). В остальных случаях правильно слитное написание.