В «Русской грамматике» (М., 1980) в структуре слова будильник выделяется словообразовательный суффикс -льник-. Основанием для этого является то, что -льник- прибавляется за один словообразовательный шаг: буди(ть) – буди/льник/. Ср.: паять – паяльник, спать – спальник, светить – светильник. Эти существительные относятся к одному словообразовательному типу. Они называют предмет (орудие, приспособление), предназначенное для выполнения действия, названного мотивирующим словом.

Однако выделение суффикса -ник- тоже имеет некоторые основания. Этот суффикс в том же значении мы находим в других словах (например, плавать – плавник). Это дает возможность считать словообразовательной морфемой суффикс -ник-, а -ль- (звук, не обладающий собственным значением) – звуковой прослойкой между морфемами (такие части слова в науке называют интерфиксами или инфиксами). 

В данном случае лучше: Обязанностями ведущего инженера являются: выполнение работ таких-то...

Верен первый вариант (если имеется в виду, что именно департамент, а не директор осуществляет общее руководство подразделением).

Морфемные границы после корня учитывать не нужно. Оба варианта переноса возможны. Ни один из них не нарушает современные правила. 

Возможно так: Каким движением является сгибание позвоночника? Как называют (называется) движение, необходимое для сгибания позвоночника (осуществляемое при сгибании позвоночника)?

Возможна постановка двух тире:  Наши преподаватели - учителя от Бога - рады помогать Вам.

Да, ударение в этом слове падает на ы.  Сослаться можно на любой нормативный словарь, в котором это слово зафиксировано. Например, на «Словарь ударений русского языка» И. Л. Резниченко (М., 2015) или на «Орфоэпический словарь русского языка» под редакцией Н. А. Еськовой (М., 2015). Если же и эти ссылки не убедят Ваших оппонентов (скажут, например: «Чего только в современных словарях не напишут!»), можете сослаться на словарь-справочник «Русское литературное произношение и ударение» под ред. Р. И. Аванесова и С. И. Ожегова (М., 1959), где тоже указано, что правильно только с ударением на ы.

1. В слове солнечный  выделяют корень -солнеч-, в котором е – беглая гласная, а ч чередуется с ц (ср.: солнце), суффикс прилагательного -н- (ср.: солнце – солнечный, молоко – молочный, мышцы – мышечный) и окончание -ый.

2. О склонении фамилий Вы можете прочесть в «Письмовнике».

3. Существует две фамилии с ударным последним слогом: Чернышов и Чернышёв. Написание фамилий определяется традицией. 

Корректно с запятыми: слова на финальном этапе благоустройства территории носят поясняющий характер.

Если нет ни зависимых слов, ни противопоставления, следует писать слитно: невошедшие главы.

Второе слово в названии пишется с маленькой буквы, если оно не является именем собственным: "Тихая пристань", "Ночная фиалка", МФК "Город столиц", ЖК "Воробьевы горы".