Запятая нужна: она закрывает придаточное что они отсутствуют; обстоятельство до открытия коробки относится к сказуемому было видно.

Обороты структуры начиная с (чего-либо) и заканчивая (чем-либо) не кодифицированы справочниками по пунктуации, однако для постановки сразу двух знаков нет оснований. Рекомендуемый вариант: Начиная с первого и заканчивая последним курсом — все они были на своих занятиях.

Тире поставлено на месте пропущенного сказуемого выделяются (это тире в неполном предложении), запятыми выделен присоединительный оборот, заключающий в себе добавочные, сообщаемые попутно сведения (см. параграф 85 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Существительное кроссовки в русских текстах встречается с конца 1960-х — начала 1970-х годов; возможно, одно из первых упоминаний — в «Рабочих тетрадях» А. Т. Твардовского (1967):

Сегодня успеть бы подготовить публикацию «Ленин и печник». Легчайший утренничек подсушил дороги и тропы, затянул матовым ледком мелкие лужицы, но подсушенная глина уминается под ногой, снег не держит — окунул левую ногу в кроссовке (матерчатые ботинки).

Лексикографическое описание это слово получило в следующем издании: Новые слова и значения. Словарь-справочник по материалам прессы и литературы 70-х годов / Под ред. Н. З. Котеловой. — М. : Русский язык, 1984. В словарной статье указана форма единственного числа — кроссовка, дано значение: 'спортивные закрытые туфли на резиновой подошве со шнуровкой' и разъяснено происхождение слова: «кро'ссовые [< кросс] туфли + -к(и) (-к(а)».

Тапки (и тапочки) на несколько десятилетий старше: в «Толковом словаре русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова (1935–1940) тапок нет, а тапочки даны с пометой «новое». Слова эти тоже толкуются в словарях русского языка через туфли: тапки — это 'мягкие лёгкие туфли без каблуков'.

Очевидно, опорное слово туфля и повлияло на то, что кроссовки и тапки (тапочки) в единственном числе употребляются как существительные женского рода.

В этом случае возможны оба варианта: 1) Они ждут не дождутся, когда же мы, наконец, поженимся! (вводное слово наконец выражает нетерпение); 2) Они ждут не дождутся, когда же мы наконец поженимся! (наречие наконец имеет значение «в результате, в итоге» и является обстоятельством).

В словари паронимов эта пара однокоренных слов не включается.