Конструкции с частицей не входят в восклицательные или вопросительно-восклицательные предложения, в которых часто присутствует частица только, напр.: Кто не знал этого человека! Что только не восхитило его на этой необычной выставке! Кому не известен этот дом? Чего в мой дремлющий то- гда не входит ум? (Держ.). Как не любить родной Москвы! (Бар.). Где только не приходилось ему бывать! Куда он только не обращался!

Такие предложения — по форме отрицательные — по содержанию всегда содержат утверждение. (Кто не знал этого человека! означает 'все знали этого человека'; Где только не приходилось ему бывать! означает 'ему всюду приходилось бывать').

Предпочтительно: собрали́сь, этот вариант соответствует строгой литературной норме, а в словарях, адресованных работникам СМИ, он указан в качестве единственно верного. В менее строгой речи допустимо ударение собра́лись. Такой вариант фиксирует, например, «Большой орфоэпический словарь русского языка» М. Л. Каленчук, Л. Л. Касаткина, Р. Ф. Касаткиной.

Сочетание по утрам означает, что что-то происходит утром, но не обязательно каждый день. Сочетание каждое утро означает, что что-то происходит утром ежедневно.

Корректная пунктуация: Наша работа по раскрытию возможностей для самореализации внутри компании и в целом усилия по созданию моды на естественные науки и повышению привлекательности отрасли для молодежи приносят свои плоды.

Сочетания тренировка по боксу, тренировка по плаванию допустимы: сочетание тренировка по плаванию зафиксировано, например, в «Словаре русского языка» под ред. А. П. Евгеньевой (известном как «Малый академический словарь»).

В этом случае корректно написание со строчной буквы. С прописной - если ранее собственное наименование общества было сокращено (общество "Название", далее - Общество).

Знаки препинания расставлены верно.

Именно форма предложного падежа указана в словарях как нормативная: по (ком-чём?) окончании, истечении, прилете.

Верно: далее - филиал.