Можно так: ...писали по-разному не только фамилию, но и имя.

Верно: диплом выдан Ивановой Марии, подтверждает право Ивановой Марии.

1. Транслитерируется инициал имени: J. - Дж. (как Джоуль).

2. Кавычки не нужны.

Если фамилия сопровождается мужским и женским именами, то она сохраняет форму единственного числа. Поскольку в приведенном Вами примере женское имя стоит на первом месте, а женские фамилии на согласный не склоняются, корректно: Ковальчук Ирине Павловне и Владимиру Васильевичу.

Если речь идет о географическом названии (пусть и вымышленном), верно: остров Невезения (по общему правилу). Как название песни – «Остров Невезения».

А вот если какая-нибудь территория будет образно названа Островом невезения, верным будет именно такое написание (в образных названиях с прописной буквы пишется первое слово), ср.: Остров свободы (о Кубе).

Мужские имя и фамилия склоняются как существительные второго склонения: р. п. - Большаковса Альбертса и т. д.

Вы правы, здесь тот же случай, что и с кубиком Рубика. И тем не менее словари (см., напр., «Русский орфографический словарь» Российской академии наук) фиксируют: кубик Рубика, но: сетка-рабица.  По-видимому, дело здесь в том, что кубик Рубика – сравнительно недавное изобретение (1970-е), в то время как изобретение Рабица относится к XIX в. Иными словами, то, что Рубик – имя изобретателя, мы еще помним, а про изобретателя Рабица уже забыли. Впрочем, надо отметить, что в разговорной речи существует вариант кубик-рубик, возможно, когда-нибудь он будет основным.

Да, имя киногероя склоняется, напр.: приключения Индианы Джонса.

Это имя собственное склоняется, форма винительного падежа: Жан-Клода Ван Дамма (см. «Словарь собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко).

Вот что говорится о фамилии Дунаев в этимологическом словаре Ю. А. Федосюка «Русские фамилии» (М., 1996). Всякий вспомнит реку Дунай, но дело не так просто. Дунай протекал далеко от древнерусских заселенных территорий. Слово «Дунай» было издавна в почете у восточных славян и как личное имя, и как элемент песенных припевов. Загадка до сих пор не разрешена, полагают, что Дунаем восточные славяне-язычники называли любую быструю и полноводную реку, а имя Дунай давали детям в честь такой реки, вернее, в честь духа такой реки.