В официальных составных названиях органов власти, учреждений, организаций, обществ и т. п. с прописной буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные (согласно словарю «Как правильно? С большой буквы или с маленькой?» (В. В. Лопатин, И. В. Нечаева, Л. К. Чельцова). Департамент сельского хозяйства может писаться двояко: с прописной, если указывается официальное название, и со строчной в остальных случаях: В департаменте сельского хозяйства нам рассказали...
"Надо вам сказать, - начал он, - что в последнее время относительно вас…" Он спросил: "Какие методы применяются для телесного и духовного развития юношества и в какого рода занятиях проводит оно обыкновенно первую и наиболее переимчивую половину своей жизни?" ...Обратился ко мне со следующими словами, которые я никогда не забуду, как не забуду и тона, каким они были сказаны: "Мой маленький друг Грильдриг, вы произнесли..."
Нормативными словарями современного русского языка это существительное не зафиксировано, так что говорить о строгой нормированности его произношения не приходится. С одной стороны, этимологически термин пергон имеет немецкое происхождение и представляет собой контаминацию двух слов (pergola "крытая, решетчатая аллея, галерея" и gabion "ящик из металлической сетки") — а немецкое слово имеет ударение на первом слоге. С другой стороны, для русского языка гораздо более естественным является ударение на втором слоге.
Ударение на первом слоге в слове сту́пица было зафиксировано как допустимое уже в "Орфоэпическом словаре русского языка" под редакцией Р. И. Аванесова в 1983 году. Что касается упоминаемых Вами словарей М. А. Штудинера и М. В. Зарвы, то нужно учитывать, что это словари особого типа: они предназначены для работников СМИ и в них не приводятся варианты. В грядущем году должен выйти в свет новый "Большой акцентологический словарь современного русского языка".
Кавычки нужны: парк «Яуза», мост «Багратион». Кавычки выполняют здесь сразу две функции: 1) показывают, что название условное (ведь Яуза — это в первую очередь река, а не парк; Багратион — фамилия полководца, а не мост), и 2) подчеркивают синтаксическую несогласованность между родовым словом и названием (ср.: Тимирязевский парк, Шелепихинский мост, где присутствует согласование).
При этом кавычки вполне могут отсутствовать на картах и схемах, в логотипах и т. д.
Да, в образных названиях государств с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена. Но это бесспорно для таких названий, где есть устойчивая традиция употребления. Не для всех названий такое устойчивое написание закрепилось. Поэтому чем менее распространено название, тем больше вероятность, что оно не захочет подчиняться данному правилу. Например, в контексте Хочу провести отпуск в стране пиццы и спагетти строчная буква более чем уместна. Окончательное решение в спорных случаях следует оставить за автором текста.
Скорее всего, это связано с тем, что в русском языке не существует употребляющихся самостоятельно слов Тель, Авив, Буэнос, Айрес, Анджелес и т. д. Согласно нормам русской орфографии раздельно пишутся только составные географические названия, представляющие собой сочетание существительного с предшествующим прилагательным или числительным (Нижний Новгород, Ясная Поляна, Царское Село) или включающие в свой состав такое сочетание (мыс Доброй Надежды). Конечно, в названиях Нью-Йорк, Буэнос-Айрес первая часть тоже является прилагательным (нью – новый, буэнос – добрых), но по-русски они как прилагательные не воспринимаются.
Если слова самый лучший поясняют слово новый (именно новый этап будет самым лучшим), то запятую нужно поставить. Вариант без запятой маловероятен, но он возможен, если человек уже объявлял о самом лучшем этапе жизни, а через какое-то время говорит (с иронией или без), что у него новый самый лучший этап.
В первом случае интонационно будет выделено определение самый лучший: новый, самый лучший этап в своей жизни. Во втором — определение новый: новый самый лучший этап в своей жизни.
В нормативных словарях русского языка такого разграничения не проводится. В большинстве словарей оба варианта признаются допустимыми (независимо от значения). Словари, адресованные работникам эфира (где дается строгая норма и рекомендуется в большинстве случаев только один вариант), отдают предпочтение ударению кашица (также независимо от значения). А в «Большом орфоэпическом словаре русского языка» М. Л. Каленчук, Л. Л. Касаткина, Р. Ф. Касаткиной (М., 2012) ударение на первом слоге уже указано как нерекомендуемое (т. е. вариант кашица постепенно уходит из языка).