Слова фармация и фармацевтика можно назвать абсолютными синонимами, оба они вполне нормативны. Исторически слово фармация означает аптеку — специализированный склад-магазин для хранения, кустарного изготовления и продажи лекарств, слово фармацевтика — производство лекарственных средств и препаратов в промышленных масштабах. Известно при этом, что специалисты предпочитают использовать в значении "раздел медицины, изучающий вопросы добывания, обработки, изготовления, хранения, отпуска лекарственных средств" именно слово фармация. 

Этимологический анализ слова рукоятка: суффиксальное производное от общеславянского рукоять (суффикс -к-), которое представляет собой результат взаимодействия сращения рук-а и яти ‘брать’ (корень -я-, глагольный суффикс -ти / -ть, ср.: вз-я-ть) и сложения (использование соединительной гласной о), ср.: благодать.

Словообразовательный анализ слова рукоятка в современном языке: рук-а (непроизводное слово) → рук-оять (словообразовательное средство — суффикс -оят-) → рукоят-к-а (словообразовательное средство — суффикс -к-). В слове рукоять произошло опрощенье. Опрощение (деэтимологизация) — исторический процесс изменения морфемного состава слова, в результате которого членимая ранее основа становится нечленимой.

Морфемный анализ: рук-оят-к-а (корень, два суффикса, окончание).

Статус морфемы -оят- спорный, так как она не обладает очевидным значением и не встречается в других существительных.

Оба варианта корректны, но имеют разное значение. Вариант «аванс за строительные работы» подразумевает, что аванс выплачивается в качестве частичной оплаты за выполненные работы. В этом случае аванс является собственностью подрядчика и входит в стоимость работ. Вариант «аванс на строительные работы» предполагает, что аванс выплачивается для покрытия расходов на предстоящие работы, то есть это средства, которые будут потрачены на материалы, оборудование и оплату труда рабочих. В этом случае аванс не является частью стоимости работ и должен быть учтен отдельно.

Форма винительного падежа корректна.

Словообразовательная цепочка, демонстрирующая образование слова обувь в словаре А. Н. Тихонова, выглядит следующим образом: обуть (непроизводное слово в современном языке) → обу-ва-ть (глагол несовершенного вида, образованный с помощью глагольного суффикса -ва-; словообразовательное средство выделено полужирным шрифтом) → обувь (словообразовательное средство не обозначено, слово представлено как нечленимое).

При собственно морфемном анализе в словах об-у-ть, об-у-ва-ть, об-у-вь и других однокоренных выделяется приставка об- и корень -у-. В глаголе обувать выделяется суффикс -ва-, являющийся показателем несовершенного вида, в существительном — непродуктивный суффикс отглагольного существительного -в-. Суффиксы -ва- и -в- не являются вариантами одной морфемы, так как используются в разных словообразовательных моделях.

Оснований для выделения нулевого суффикса в слове обувь нет, так как нет возможности установить значение нулевой морфемы.

См. также ответ на вопрос № 317283.

Запрета на сочетание глагола применять с существительным требование нет. Исходить нужно из того, какие значения имеет глагол применять/применить в современном русском языке. См.: ПРИМЕНЯТЬ, несов. (сов. применить), что. Использовать, потреблять (потребить) опыт, знания, какие-л. средства, прилагая, приспосабливая их для чего-л., с целью достижения каких-л. результатов, успеха и т.п. [impf. to apply (to), employ, use, put into use or operation; to exert, apply, use (strength, skill, etc.) to gain a desired result]. Этот клей применяют для склеивания изделий из дерева, ткани, кожи и бумаги. Теперь он мог применить свои знания на практике.

Стилистическая помета «народно-разговорное» (нар.-разг.) используется в «Большом толковом словаре русского языка» под редакцией С. А. Кузнецова. Во вводном руководстве к словарю есть раздел «Функционально-стилистическая характеристика слова», в котором сообщается, что стилистический комментарий в словаре опирается на систему помет, отражающих, по мнению авторов, современное функционально-стилистическое расслоение русской лексики. Помета «народно-разговорное» дается для слов, указывающих на принадлежность к ненормированной народной речи и используемых в текстах как средство сниженной экспрессии. Помета «разговорное» дается для слов, употребляющихся как средство непринужденного общения, в том числе в деловой или официальной обстановке. Кроме того, составители ввели помету «разговорное сниженное» (разг.-сниж.) для слов, содержащих намеренно грубоватую экспрессию. Вывод: система стилистических помет в каждом толковом словаре отличается особенностями, о которых читателю сообщается во вводных разделах изданий.

Правильно: по окончании, по завершении. Предлог по в значении 'после' употребляется с существительными в форме предложного падежа.