Написание каждого слова в названии организации с прописной буквы, разумеется, нарушает орфографическую норму русского языка. Конечно, если в таком виде (каждое слово с прописной) название уже зафиксировано в уставных документах организации, то в деловой документации, связанной с  деятельностью компании, такого написания надо придерживаться. Но в другого рода текстах (в том числе в газетной статье, посвященной данной организации) следует руководствоваться правилами русского правописания и писать: Инженерный центр новых технологий.

Корректны оба варианта (Иван с группой вернулся и Иван с группой вернулись), при этом форма множественного числа глагола подчеркивает, что действие совершается всеми названными субъектами (и Иван вернулся, и группа вернулась), а единственное — что субъектом действия является только существительное в именительном падаже (Иван), а существительное в творительном падеже (с группой) обозначает лицо, сопутствующее производителю действия (вернулся Иван, но важно и то, что он вернулся вместе с группой). 

А. А. Зализняк в «Грамматическом словаре русского языка» пишет о форме род. падежа мн. числа для слова башка следующее. Это форма башок. Однако ее можно признать потенциальной, так как она воспринимается как нежелательная. Практически это выражается в том, что носители русского литературного языка в тех случаях, когда им в речи требуется данная форма, обычно испытывают затруднения и нередко предпочитают обойтись без этой формы, заменив слово синонимом или перестроив предложение. 

Иноязычные по происхождению слова, в том числе имена собственные, становятся фактом русского языка и подчиняются законам русской грамматики. Из фамилий, оканчивающихся на -а, которому предшествует согласный, не склоняются только фамилии французского происхождения с ударением на последнем слоге (Дюма, Гавальда). Преимущественно не склоняются финские имена и фамилии, оканчивающиеся на -а неударное (хотя в ряде источников и их рекомендуется склонять). Фамилия Коцина к этим группам несклоняемых фамилий не относится и должна склоняться.

В статье "Не так проста дверь, как кажется" речь идет о двух разных нюансах склонения существительного дверь: "Во всех падежах ударение падает на корень и только в предложном — на окончание. При использовании множественного числа существует два верных варианта: за закрытыми дверьми и за закрытыми дверями, — но первый вариант пока считается более литературным". Но мы можем добавить во второе предложение слова творительного падежа. 

Если у одного директора несколько советников, то правильно: советник директора. Несколько советников одного директора так и именуются: советники директора. Если один советник должен сотрудничать с несколькими директорами, то правильно: советник директоров. Если таких советников много, то их следует так и назвать: советники директоров. Выражение в форме множественного числа может использоваться и в случае, когда речь идет о советниках одного директора, но каждый из них сотрудничает с каким-то своим директором.

Источники вас не обманывают. Деепричастие не отдельная часть речи, а особая форма глагола. Переходность — неизменяемый признак глагола (как, например, и вид), и он присущ всем его формам, в том числе особым — причастиям и деепричастиям. Именно поэтому, например, переходный глагол способен управлять прямым дополнением в В. п. без предлога независимо от того, в какой форме употреблен сам глагол:

читать книгу, читаю книгу, читал бы книгу, читающий книгу, читая книгу...
 

Форма родительного падежа мн. числа существительного мольба малоупотребительна. Некоторые словари пишут, что такой формы у этого слова нет. Тем не менее в художественных текстах изредка встречаются примеры использования формы мольб. Например: В удивлении я вытащил имеющиеся у меня десять долларов, которые моментально сграбастал ненасытный увеселитель, — и только после мольб моих и моих спутников он выдал мне 50 центов на обратный путь. В. В. Маяковский, Мое открытие Америки.