Да, запятые нужны. В соответствии с правилами пунктуации определения являются однородными в том числе в случаях, если „представляют собой художественные определения: Одни кузнечики дружно трещат, и утомителен… этот непрестанный, кислый и сухой звук (Т.); Его бледно-голубые, стеклянные глаза разбегались (Т.); Старуха закрыла свинцовые, погасшие глаза (М. Г.); то же при употреблении определения-прилагательного в переносном значении: круглые, рыбьи глаза мальчика; тонкие, журавлиные ноги“. В приведенном Вами контексте определения темная и беспощадная объединены общим признаком 'производящие впечатление чего-то неприятного, пугающего'.

Все три варианта возможны и грамматически верны.
Конструкция консультируем в чём-либо (например, в подборе тканей или выборе системы налогообложения) встречается в современных текстах, назвать её ошибочной и запретить нельзя. 
Можно использовать вариант консультируем по вопросам выбора, однако он более официальный. 
Вариант консультируем, как выбрать также возможен, но в текстах употребляется нечасто.

Перед союзом и запятая не нужна, потому что он соединяет однородные сказуемые уходит и машет; запятая после союза нужна для обособления деепричастия оглянувшись: Минуло Прощёное воскресенье, отгорела ранняя и широкая Масленица, и Прибериха уходит и, оглянувшись, машет, как этот последний блин-арлекин.

Запятая перед как в данном случае не нужна, потому что сравнительный оборот тесно связан с глаголом, без этого оборота предложение теряет смысл. Вторая часть этой бессоюзной конструкции действительно может иметь значение пояснения (отвечать на вопрос как именно?), и в этом случае перед ней нужно поставить двоеточие. Если автор не хочет подчеркивать значение пояснения, он может поставить запятую.

Правильно: между словами, между домами. Варианты с формами родительного падежа устарели.

Эти слова можно выделить кавычками (для каждого слова - своя пара кавычек), но лучше - курсивом.

Первая придаточная часть усечена до одного союзного слова (почему), поэтому не обособляется. Перед второй придаточной частью запятая ставится по общему правилу: Не знаю почему и не знаю, что делать.

Текст подстрочного примечания, как правило, не согласуется с формой поясняемого текста – ведущее слово независимо от падежа поясняемого слова ставят в именительном падеже. Текст примечания, как самостоятельное предложение, необходимо начинать с прописной буквы и в конце ставить точку. Обязательного требования повторять поясняемое слово в тексте примечания нет, но для полноты примечания это имеет смысл сделать. Итак, правильно:

На гаке* было 5 барж.