Причастный оборот лучше максимально приблизить к определяемому слову: ...порядок организации проведения верификации и технического контроля качества печатных плат, изготовленных по внешней кооперации, в АО «Ромашка». 

Законы русской грамматики требуют склонять мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный звук (а буква й обозначает согласный звук j). Фамилия Горай склоняется по образцу других слов второго (по школьной грамматике) склонения, ср: лай, май, каравай, Дубай и др. Сказать, например, думал о Горай вместо думал о Горае то же самое, что родился в май вместо родился в мае.

Правильно: точка, не отмеченная на карте. Не пишется раздельно с причастиями, если при них имеются зависимые слова (в данном случае — на карте).

Действительно, инфинитив названного глагола — кишеть. Этот глагол второго спряжения, что определяется по ударным личным окончаниям (кишит, кишат). При определении спряжения инфинитив берется во внимание только у глаголов с безударными личными окончаниями. См. также «горячий вопрос» номер 10.

Верить, конечно, «Академосу». Изменения в словарную статью были внесены совсем недавно, ранее в академическом орфографическом словаре бариста фиксировалось только как несклоняемое существительное.

Использование латиницы само по себе является достаточным средством выделения, поэтому кавычки для названий, написанных латиницей, не используются. См. наш материал «Как правильно употреблять кавычки в собственных наименованиях».

Разные глаголы управляют разными падежами, при этом может использоваться один и тот же предлог. 

На этот вопрос в справочной литературе можно найти противоположные ответы. В «Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указано, что названия рек согласуются с родовым наименованием, и приведен пример между реками Обью и Енисеем. В то же время другие пособия указывают, что с географическим термином река наблюдается тенденция склонять названия женского рода и не склонять названия мужского рода: у реки Волги, но на реке Енисей.

На практике встречается как склонение, так и несклонение названий рек в подобных конструкциях, ср.: 

• Пространство между реками Доном и Непрядвой называлось Куликовым полем. С. Голицын. Сказания о земле Московской (1968-1988)
• Трудно было пробираться речными путями на Пясину, поэтому решили установить морскую связь между реками Енисей и Пясина. М. Белов. Мангазея (1969) 
• Пять тысяч лет назад такими «умными соседями» оказались жители двух речных долин — на Ниле (Египет) и между реками Тигр и Евфрат (Месопотамия). А. Алексеев. Из жизни древнего Египта // «Наука и жизнь», 2007

• Между реками Енисеем и Хатангой (в так называемом Енисей-Хатангском региональном прогибе) открыты газовые залежи, и специалисты прогнозируют наличие здесь нефти. Е. Сидорова. Притяжение Арктики // «Наука в России», 2012.

Таким образом, допустимы варианты, и окончательное решение в подобной ситуации — за автором (редактором) текста. Ошибки в любом случае не будет.

Корректно строчными: основное черноморское течение; филлофорное поле Зернова (если не имеется в виду название заказника).