Условные названия видов, сортов сельскохозяйственных культур, овощей, цветов и т. п. пишутся со строчной буквы в кавычках: «рубиновое ожерелье». Написание с прописной буквы без кавычек возможно в специальной литературе.

Повторяющиеся союзы и... и... и ни... ни... — это разные союзы, и постановка знаков препинания в конструкциях с ними может регулироваться разными правилами. И действительно, в параграфе 26 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина указано, что «запятая может не ставиться» при однородных членах предложения, связанных союзом и... и..., «образующих тесное смысловое единство»: Кругом было и светло и зелено  (Т.); И днем и ночью кот ученый все ходит по цепи кругом (П.). Для однородных членов предложения, связанных союзом ни..., ни..., такого допущения нет. Есть только указание о «цельных фразеологизированных сочетаниях с повторяющимися союзами и… и, ни… ни» типа и там и сям, ни то ни сё. Сочетание ни то, ни другое не фразеологизировано, в отличие от сочетания ни то ни сё (о чём-то или о ком-то посредственном, невыразительном).

Полагаем, что действует то же правило, то есть следует писать прописное С: ...Стою близ моря на скале; / Стою, задумчивость питая.

Что касается выбора варианта, вопрос не очень понятен, так как надо  представлять себе, что это за учебное пособие, как оформлены другие материалы. Мы бы, наверное, выбрали такой вариант: «Я здесь стою близ моря на скале; / Стою, задумчивость питая». Особые правила цитирования стихотворных текстов нам неизвестны (кроме того, что эти тексты можно набирать в подбор, показывая разбиение на строки косой чертой). Точность цитат одинакова для всех изданий (если только это не намеренное искажение текста или автор не хочет подчеркнуть, что он или его персонаж вспоминает цитату: «Что-то там, тати-тата…»). Единственное, что в обучающих изданиях, где цитат очень много, они, полагаем, не всегда нуждаются во внутритекстовых или постраничных ссылках на источник, но библиографический список в конце нужен, хотя бы потому, что, прочитав цитату, скажем, из Пушкина, читатель может удивиться, не найдя приведенные строки в своем издании, поскольку текст цитировался по другому собранию сочинений.

Предложение построено с нарушением правил грамматики: непонятно, к какому существительному относится союзное слово который (похоже, здесь вообще нет этого существительного). Соответственно, рекомендацию по расстановке знаков препинания в нем дать невозможно.

Для лучшего восприятия ряда приложений рекомендуем немного перестроить предложение: О талантливой шахматистке мы беседуем с руководителем ЦДР «Спас» — священником Татианинского храма протоиереем Вадимом Гупало, тренером по шахматам.

Написание иноязычных слов кодифицируется и по правилам, и по употреблению, распространенному на момент вхождения слова в словарь. Этим могут объясняться отличия в написании слов с одной общей частью. Для сложных существительных с не употребляющейся самостоятельно первой частью на согласную нет какого-то общего правила, написание таких слов определяется по орфографическому словарю. Ср., например: бэк-офис и бэкслеш, биг-бенд и бигмак.

Обстоятельственный оборот с производным предлогом на основании (чего-л.) не требует обособления. Обратите внимание, что во второй части сложного предложения причастие нужно поставить в форму творительного падежа, поскольку оно зависит от глагола считает, восстанавливаемого из первой части: Истец не согласен с доводами апелляционной жалобы, считает вынесенные решения законными и обоснованными, а жалобу — не подлежащей удовлетворению на основании следующего.

Лучше первый вариант.