Действительно, верно: Пермь – один из 12 российских городов... Числительное один образует словосочетание с существительным город.
Запятая перед тире не нужна: что нарушение целостности кишечника – это следствие нарушения микрофлоры – придаточное предложение. Запятая ставится только перед ним.
Запятая не нужна. Подробнее о пунктуации при слове значит см. в «Справочнике по пунктуации».
«Как слышится, так и пишется» – такой принцип построения орфографии называется фонетическим. На нем построены орфографические системы некоторых языков, например белорусского (но не во всех случаях) или грузинского.
В основу орфографии русского языка положен иной принцип – фонемный (его еще называют фонематическим и морфологическим). Суть его заключается в следующем: каждая морфема (корень, приставка, суффикс) пишется по возможности одинаково, несмотря на то что ее произношение в разных позиционных условиях может быть разным. Мы произносим [дуп], но пишем дуб, т. к. в этом слове тот же корень, что и в слове дубы; произносим [з]делать, но пишем сделать, т. к. в этом слове та же приставка, что и в слове спрыгнуть и т. п. Фонемному принципу отвечает 96 % написаний. И лишь 4 % – это разного рода исключения. В том числе – обусловленные действием фонетического принципа, например написание ы вместо и после приставок на твердый согласный: безыдейный (хотя идея), надындивидуальный (хотя индивидуальный). Вот здесь как раз и действует принцип «как слышится, так и пишется»: слышится ы – и пишется ы.
Запятая перед и всё нужна, так как вопросительной интонацией обладает только вторая часть предложения.
Тире не требуется.
Консалтинг – 1) консультирование; 2) вид услуги, заключающийся в предоставлении профессиональных консультаций в сфере производства, торговли или иной профессиональной деятельности, осуществляемый специализированными фирмами.
