Правилами русского правописания не регламентировано употребление прописных и строчных букв в названиях, оформленных латиницей. Поэтому написание со строчной не будет орфографической ошибкой, но важно, чтобы читателю текста было понятно, о чем идет речь.

Интеллектуальные агенты в грамматическом отношении подобны слову порталы: создавать интеллектуальные агенты и порталы. Склонение неодушевленных существительных мужского рода можно проверить с помощью слов с ударными окончаниями, например стол, лист (бумажный), куст.

Форма сравнительной степени желтее (в разговорной речи желтей) корректна. 

Правильно: фэнтези. Жанр фэнтези основан на сюжетном допущении иррационального характера. Это допущение не имеет логической мотивации в тексте, предполагает существование фактов и явлений, не поддающихся, в отличие от научной фантастики, рациональному объяснению.

В научной фантастике мы имеем дело с единой научно обоснованной посылкой (например, если речь идет о перемещении во времени, обосновывается механизм работы машины времени, если сюжет основан на превращении человека в невидимку, подробно рассказывается об опытах, ведущих к такому результату). В фэнтези же фантастических допущений может быть сколько угодно, в этом особом мире все возможно – боги, демоны, добрые и злые волшебники, говорящие животные и предметы, мифологические и легендарные существа (нимфы, фавны, сатиры, эльфы, гоблины, гномы, хоббиты и пр.), привидения, вампиры и пр. В научной фантастике действие происходит в определенное время и в определенном месте (например, на космической станции в будущем). Миры фэнтези лишены географической и временной конкретности: события происходят в условной реальности, где-то и когда-то, часто в параллельном мире, похожем отчасти на наш.

Полагаем, что действует то же правило, то есть следует писать прописное С: ...Стою близ моря на скале; / Стою, задумчивость питая.

Что касается выбора варианта, вопрос не очень понятен, так как надо  представлять себе, что это за учебное пособие, как оформлены другие материалы. Мы бы, наверное, выбрали такой вариант: «Я здесь стою близ моря на скале; / Стою, задумчивость питая». Особые правила цитирования стихотворных текстов нам неизвестны (кроме того, что эти тексты можно набирать в подбор, показывая разбиение на строки косой чертой). Точность цитат одинакова для всех изданий (если только это не намеренное искажение текста или автор не хочет подчеркнуть, что он или его персонаж вспоминает цитату: «Что-то там, тати-тата…»). Единственное, что в обучающих изданиях, где цитат очень много, они, полагаем, не всегда нуждаются во внутритекстовых или постраничных ссылках на источник, но библиографический список в конце нужен, хотя бы потому, что, прочитав цитату, скажем, из Пушкина, читатель может удивиться, не найдя приведенные строки в своем издании, поскольку текст цитировался по другому собранию сочинений.

Нужно задать этот вопрос автору текста - что он имеет в виду. Может быть, следует фразу перестроить (использовать слово "поэтому", например).

Для постановки запятой после слова интенции нет оснований.

Обороты с непервообразными предлогами могут обособляться, чтобы предложение не выглядело двусмысленным, но при этом запятые должны стоять с двух сторон оборота. В данном случае — до и после оборота вследствие асимметричного дуализма всякой когнитивной интенции. На наш взгляд, обособление этого оборота не сделает фразу яснее.

Мекка – существительное женского рода. Так что ошибки нет.