В диссертации А. М. Соколовой «Моноаминергическая система в жгутиковых клетках древних многоклеточных животных на примере губок (тип Porifera)» то и дело встречаются: микровилли, микровиллей, микровиллям, микровиллями, микровиллях.  

Вы приводите правило из свода 1956 года. Некоторые, весьма немногочисленные его рекомендации устарели и не отражают норму сегодняшнего дня. К ним относится и приведенное Вами правило о написании аббревиатур. Уже довольно давно в руководствах по орфографии отмечается, что звуковые аббревиатуры следует писать прописными буквами, кроме тех немногочисленных слов, которые давно вошли в язык в написании строчными буквами. Ср.: СМИ (средства массовой информации), ЖКХ (жилищно-коммунальное хозяйство), СНТ (садоводческое некоммерческое товарищество) и вуз (высшее учебное заведение), втуз (высшее техническое учебное заведение), дот (долговременная огневая точка). Отдельные звуковые аббревиатуры могут писаться и прописными, и строчными буквами, напр.: НЭП и нэп, ЗАГС и загс.

По основному правилу тире после тренер и руководитель нужно, поскольку подлежащее и сказуемое выражены существительными. Но в данных случаях тире можно опустить, поскольку здесь отражено произношение с логическим ударением на сказуемом.

Слово репозиторий (от англ. repository) употребляется в русском языке в значении 'хранилище данных'. Депозитарий (в одном из значений) — это банковское помещение, в котором расположены индивидуальные сейфы, арендованные вкладчиками.

При обсуждении температуры воздуха и сопоставлении ее показателей обычно пользуются определениями ниже — выше, холоднее — теплее. Для сравнительных оценок больше — меньше нужен ориентир с подходящей шкалой измерения данных, именно он предопределит и выбор слова.

Прилагательное необезличенные обозначает непринадлежность данных к разряду обезличенных и пишется слитно с не — см. пункт 2 параграфа 148 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. 

Здравствуйте. Дело в том, что старый архив ответов "Справки" сейчас закрыт, поэтому ссылки на него не работают. Сейчас мы не ссылаемся на закрытый архив, но в более ранних ответах такие ссылки, к сожалению, не редкость.

Если речь идёт о названии села в Новосибирской области, то оно, очевидно, дано по названию одноимённой реки. Название реки убедительной этимологии, насколько нам известно, не имеет, но давнее предположение о его тюркском происхождении вполне вероятно.

Если сказуемое стоит после оборота типа брат с сестрой, то единственное число сказуемого подчеркивает, что первый участник действия играет главную, ведущую роль, а второй как-либо зависит от него. Множественное число показывает, что участники действуют на равных.