После таких иронических замечаний можно (в зависимости от конкретной ситуации) поставить как восклицательный знак («Да ладно!», «Да что вы говорите!»), так и сочетание вопросительного и восклицательного знаков («Да ладно?!», «Да что вы говорите?!»). 

Эти слова являются союзными словами, то есть относительными местоимениями, служащими для связи главной и придаточной части в сложноподчиненном предложении. Слово что может быть и союзом, а слово кто в подобных случаях всегда является союзным словом.

Можно не ставить знак препинания, можно поставить тире.

Такое задание в высшей степени некорректно, поскольку лучшие лингвисты-синтаксисты готовы полемизировать по поводу ответа. Но предпочтительным является вариант с включением слова капитан в состав подлежащего. Это слово (капитан) стало бы приложением к имени, если бы оказалось в постпозиции (где станет обособленным: Себастьян Кабот, испанский капитан...). Мы бы за такие задания (вернее, за умысел засчитать как ошибку включение / невключение капитана в состав подлежащего) отправляли в Южную Америку по следам капитана без обратного билета.

Проблема ведь еще и в том, что испанский — определение именно к капитану, а не к имени и не к сочетанию капитана и имени, иначе получится, что подразумевается, будто был испанский капитан Себастьян Кабот, а был еще, скажем, и португальский капитан Себастьян Кабот. Но тогда и это определение нужно включать в подлежащее, что уже совсем странно. Так что мы бы в конечном счете пришли к выводу, что подлежащее — капитан, а его имя — приложение к нему (такие приложения обособлять не обязательно). Но ни на одном сайте, о которых Вы упоминаете, оно не предусмотрено. Хотя любому человеку, хотя бы раз пытавшемуся разобраться с приложениями, известно, что в сочетаниях нарицательного и собственного имен приложением может быть и то, и другое, причем при одном и том же порядке слов. История с приложениями вообще крайне запутанна, противоречива и, по сути, теоретически не разработана.

Слово то здесь лишнее.

Правильно: тоже счастье (=также); то же счастье (=то же самое). Во втором случае необходимо тире между подлежащим и сказуемым.

Наречие как-то пишется через дефис, в том числе в значении 'неясно как, хорошо или плохо'; в конце предложения лучше поставить вопросительный знак: Как-то привьется побег православия на новой ветви?

Смысловой разницы нет.