Морфемный разбор слов с разделительными твердым и мягким знаками должен производиться с привлечением частичной транскрипции, так как эти знаки показывают, что стоящие после них буквы е, ё, ю, я нужно произносить как сочетание [j] и гласного звука: под-[jэ]зд ([j] входит в корень), бег-ун-[j]-а (-[j]- представляет собой словообразовательный суффикс). В иноязычных словах разделительный мягкий знак может стоять перед о: бул[j]он ([j] входит в корень).

Подробнее с правилами употребления разделительных твердого и мягкого знака можно ознакомиться на нашем портале в разделе «Правила от азов до тонкостей».

Понимание этих правил облегчит морфемный разбор с Ь и Ъ знаками на стыке морфем. Ь как показатель мягкости предшествующего согласного при морфемном разборе тоже может быть передан с помощью частичной транскрипции: сту[л’]-чик.

На начальных этапах знакомства с основами морфемного строения и фонетическими особенностями слов в школьной практике разделительный твердый знак часто относят к приставке, а Ь как показатель мягкости к предшествующей согласной (и внутри морфемы, и на стыке морфем). От этой практики желательно отказаться как можно раньше, так как отказ от использования частичной транскрипции при морфемном разборе формирует искаженное представление о структуре и произношении многих слов.

Все эти варианты используются.

Слово "первый" пишется строчными буквами.

Возможны оба варианта.

Правильно: в первый день по прибытии.

Дополнительные знаки препинания не требуются. 

Внутри фразы - нет.

Правильно: на правом и левом колене. Когда речь идет о парных частях тела, принято употреблять существительное в единственном числе.

Строгих правил нет. Инициалы после фамилии обычно ставят в алфавитных списках, перечнях, библиографиях и т. п.; при адресовании должностному или физическому лицу инициалы чаще указывают перед фамилией. В Вашем случае (если на этот счет нет каких-то строгих внутрикоропративных правил) место расположения инициалов не приниципиально.