Предлог согласно всегда требует формы дательного падежа, исключений нет. Род слова который должен соответствовать роду соответствующего существительного: слово документация женского рода, поэтому верно: согласно которой.

Первое предложение следует перестроить или разделить на два. Дело в том, что местоимение который указывает на ближайшее к нему существительное того же рода и в том же числе. Здесь таким ближайшим существительным является слово уровень (а по логике фразы это должно быть слово руководство).

Во втором случае верно: Не предоставлена проектная документация, согласно которой...

Это не ошибка. Если авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение, то они начинаются с прописной буквы. Ср. с примером из справочника Д. Э. Розенталя «Современный русский язык. Пунктуация» (М., 2002):

— Скорей, загорелась школа! — И он побежал по домам будить людей.

Слова автора названы здесь отдельным предложением, т. к. в них нет глагола речи (сказал, закричал, воскликнул и т. д.). Правда, встречается такое оформление нечасто, поэтому многие справочники об этом правиле не вспоминают.

Лучше разбить второе предложение на два. Например, так: Рассмотрена  принципиальная  возможность  сепарации  бедных  шеелитовых  руд в крупности -50+6 мм с использованием рентгеноабсорбционного метода на оборудовании TOMRA Sorting. В результате исследований установлено, что предварительная сепарация позволяет в 4-5 раз повысить содержание WO3 в питании последующего флотационного передела и выделить до 84% от машинных классов крупности – отвальные по содержанию WO3 хвосты сепарации. В конечном итоге это позволит предприятию снизить капитальные и эксплуатационные затраты при сохранении высоких технологических и экономических показателей.

Стоишь, чувствуешь, веришь – однородные сказуемые. Если число однородных членов предложения больше двух, а союз повторяется перед каждым из них, кроме первого, то запятая ставится между ними всеми: Стоишь, <...> и чувствуешь, <...> и веришь.

И веришь, что свободен ты и жизнь лишь началась – это сложноподчиненное предложение, в котором два придаточных (ты свободен и жизнь лишь началась) относятся к одному главному (и веришь). Между однородными придаточными частями сложноподчиненного предложения, связанными неповторяющимся союзом И, запятая не ставится.

Если у Вас есть конкретное предложение, можете написать нам. Однако рискнем напомнить басню И. А. Крылова "Щука и Кот": 

    Беда, коль пироги начнет печи сапожник,
    А сапоги тачать пирожник,
    И дело не пойдет на лад.
    Да и примечено стократ,
    Что кто за ремесло чужое браться любит,
    Тот завсегда других упрямей и вздорней:
    Он лучше дело всё погубит,
    И рад скорей
    Посмешищем стать света,
    Чем у честных и знающих людей
    Спросить иль выслушать разумного совета.

У слова второй отмечено значение «такой, статус которого на одну ступень ниже по сравнению с основным, первым», среди иллюстративных примеров приводится предложение В институте Иван Иванович – второе после директора лицо (см. значение 1.2 у слова второй³ в «Большом универсальном словаре русского языка»). Судя по этим данным, выражение второй после N будет понято как синонимичное сочетанию первый после N. Обособление сочетания после N в этом случае не влияет на смысл высказывания.

Чтобы читатель смог воспроизвести вопросительную интонацию, нужен знак вопроса: Ты заметил? Лес ведь кончился! Можно оставить лишь восклицательный знак (такой вариант хуже): Ты заметил, лес ведь кончился!

Все верно, запятая не требуется именно по этой причине.

В справочнике говорится об отсутствии отбивки запятой (точки) от предшествующего слова и необходимости отбивки тире от последующего. О позиции между знаками не говорится. В примере в издании 2014 года между запятой и тире пробела нет, но в самом тексте книги запятая от последующего тире последовательно отбивается, см., например, раздел, посвященный оформлению цитат (с. 180—181). Отбивка есть и в Полном академическом справочнике под ред. В. В. Лопатина, и в руководствах по пунктуации Д. Э. Розенталя.